In-Silico Drug discovery approach targeting receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 1 for cancer treatment
실험을 한 번도 하지 않고 컴퓨터만으로 신약 후보 하나를 고르는 절차가 처음부터 끝까지 한 편에 들어 있다. 표적 Ror1 은 정상 성인 조직에는 거의 없고 암에서만 다시 켜지는 단백질이라, 지금도 항체와 CAR-T 로 임상에 올라 있다. 다만 이 논문은 원자료도 코드도 남기지 않았다 — 그래서 인실리코 결과 중 무엇을 믿고 무엇을 다시 확인해야 하는지를 배우기에 오히려 좋은 호다.
피펫은 익숙하고, 터미널 앞에서 막히는 분
이 순서는 논문이 요구하는 과목과 과목 사이의 선후 관계에서 **계산된 것**입니다 — 논문이 바뀌면 순서도 함께 바뀝니다.
768 MB · 1 코어. 논문 네 판본과 축소 노트북이 들어 있습니다 — 2,000 세포로 줄인 자료 위에서 진짜 scanpy 코드가 30초에 돕니다.
8 GB · 4 코어 · scanpy 계열이 깔려 있고 원자료가 /data 에 물립니다. 비싸므로 10분 비면 내려갑니다 — 파일은 남습니다.
| Secondary and tertiary structure analysis | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Structure absent from RCSB PDB and SCOP | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| PROMOTIF and GOR4 secondary structure prediction | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Fig. 2 — Template search using BLASTp | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| 3D structure prediction (CPHmodels, Phyre2, PS2v2, RaptorX, Modeller, I-TASSER) | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Fig. 3a-c — ProSA Z-score and per-residue energy | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| SAVES server — 97.16% of residues 3D-1D >= 0.2 | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| PROCHECK — 67.4 / 27.3 / 3.8 / 1.6 % | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Schrodinger Protein Preparation Wizard | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Fig. 5 — Domain analysis by CD-Search (Pkc_like superfamily) | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Active site prediction — DogSiteScorer and SiteMap | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Table 1 — Active site analysis using DogSiteScorer | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Fig. 1 — Secondary structure analysis of Ror1 | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Fig. 9 — Ror1 signalling pathway (IL-6/STAT3/Wnt5a/PI3K-AKT) | 🧩 단백질 구조 예측 첫걸음 |
| Protein-Ligand Docking and MD simulation | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Ligand preparation — ZINC database, 45,000 unique ligands | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| LigPrep optimisation | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Glide HTVS screening, cut-off -7 kcal/mol | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Fig. 6 — Drug-likeness screening parameters (FAF-Drugs3) | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| AutoDock Vina rescoring, |affinity| >= 10.9 | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Table 2 — Glide scores of the best 10 docked ligands | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Fig. 7a-b — Hydrogen bond interactions, protein + ligand 15 | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| ADMET properties of DB03208 (PGG) | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| GROMACS system setup — SPC/E water, AMBER99SB-ILDN, 3 Cl- | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Energy minimisation, 0.1 ns, emtol 10.0 | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Fig. 8a — RMSD of protein, ligand and complex | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Fig. 8b-c — RMSF of protein and ligand | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| High-throughput MM-PBSA by g_mmpbsa (top 300 ligands) | 🔗 도킹과 분자동역학 첫걸음 |
| Molecular basis — polyphenols, hydrogen bonding, logP | ⚗️ 생물정보학을 위한 화학 첫걸음 |
| In-silico drug discovery workflow end to end | 🎯 인실리코메디신 첫걸음 |
| Target selection — Ror1 as a cancer target | 🧲 표적 발굴 첫걸음 |
| ADMET / absorption, BBB, water solubility | 💊 약동학 첫걸음 |
기념비적인 논문을 읽읍시다