손박사의 애완견 비만세포암 치료제 첫걸음 II

4,847개에서
셋으로

1권에서 만든 BAM 을 이어받습니다. 여기서 하는 일은 뺄셈 하나입니다 — 종양에는 있고 혈액에는 없는 것.
bcftools mpileup 과 call · VCF 여덟 열과 AD/DP/GT · 문턱 옮기기 · VAF 0.847 이 왜 0.5 가 아닌지 · VEP · 드라이버와 승객. 그리고 마틴의 첫째 질문 — DLA. 개의 MHC 는 사람의 것만큼 알려져 있지 않고, 화면에 나오는 예측값에는 보이지 않는 오차 막대가 붙어 있습니다.
파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.

🐍 Python📋 VCF➖ 종양−정상 📈 VAF🧬 DLA-88🎯 신생항원🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

➖전부 뺄셈 하나에서 나온다

종양에는 있고 혈액에는 없는 것. 20강이 전부 이 한 문장을 실제로 어떻게 하느냐를 풉니다.

📏보이지 않는 오차 막대

IC50 87 nM 은 측정값이 아니라 예측값입니다. 개에서 그 예측이 얼마나 흔들리는지를 강마다 되짚습니다.

🧪워크숍으로 이어진다

17~19강은 Colab 코드랩 rosie_mct_mrna_vaccine_codelab.ipynb 의 4~7단계를 줄 단위로 풉니다. 3시간 워크숍의 뒤 절반입니다.

🛠️만지며 익히기

강마다 실험실 위젯이 하나씩 — VAF 문턱 · 종양 순도 · %rank · 코돈 표를 직접 돌려 결론이 어떻게 뒤집히는지 봅니다.

전체 커리큘럼

BAM 두 개를 넘겨받다 — 이 권이 하는 일

I 권 20강 → 뺄셈 하나 → 표적 셋

세로로 쌓기 — bcftools mpileup

코드랩 4단계 첫 줄 · <code>-Q15 -q10 -a FORMAT/AD,FORMAT/DP</code>

다수결이 아니라 확률 — bcftools call

코드랩 4단계 둘째 줄 · <code>call -m -v</code>

VCF 여덟 열 — 파일을 실제로 읽는다

CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO

FORMAT 과 시료 열 — GT · AD · DP · GQ

VAF 가 여기 들어 있다

뺄셈 — 종양에는 있고 혈액에는 없는 것

제6장 「뺄셈이다. 그리고 이 뺄셈이 이 장의 전부다」 · 코드랩 4단계

bcftools 와 Mutect2 — 무엇이 다른가

제6장 「Mutect2가 하는 일」 · 열린 대체품이 못 하는 것

VAF — 리드의 비율이지 세포의 비율이 아니다

제6장 8절 「84.7퍼센트가 말해 준 것」

0.847 — 얻은 것과 버린 것

제6장 「이형접합성 소실」 · 두 번의 사건이 같은 방향을 가리켰다

종양 순도와 배수성 — VAF 를 흔드는 셋

제6장 「종양 조직에는 정상 세포가 섞여 있다」

문턱 — 옮기면 결론이 옮겨진다

제6장 「낮게 두면 오류가 딸려 들어오고, 높게 두면 진짜 변이를 놓친다」

VEP — 좌표를 단백질의 말로

제6장 「VEP로 각 변이의 기능적 영향을 주석 달았다」

4,847개에서 셋으로 — 운전자와 승객

제6장 「목록은 답이 아니라 후보다」 · 제8장 「왜 셋을 넣었는가」

DLA — 개의 MHC

제10장 「DLA라는 문제」 · 마틴의 첫째 질문

사람 자료로 배운 도구를 개에 쓴다는 것

제10장 「그 막대는 화면에 안 나오고요」

아홉 글자 — 타일링과 %rank

제8장 「아홉 가지다」 · <code>SVDGQVYIP</code> IC50 87 nM

차등 아그레토프 — 야생형보다 강하게

코드랩 5단계 · 잘 붙는 것만으로는 모자란다

개의 코돈 — CAI 를 개에 맞춘다

제8장 「CAI가 0.61에서 0.89로 올라갔다」

실습 종합 — 코드랩 4~7단계를 줄 단위로

<code>rosie_mct_mrna_vaccine_codelab.ipynb</code> · 3시간 워크숍의 뒤 절반

정리 — n 이 하나라는 것

제10장 「n이 하나라는 것」 · 제14장 「그런데 백신 때문인가」 · 제15장