권교수의 B세포와 항체 첫걸음

몸 안에서 진화가
일어나는 유일한 자리

T세포 수용체는 만들어지면 그대로입니다. B세포 수용체는 몸 안에서 좋아집니다.
림프절의 배중심에서 며칠 만에 변이하고 · 시험받고 · 살아남기를 수십 번 반복해요. 다윈이 말한 진화가 일주일 만에 여러 바퀴 도는 자리입니다.
개념만 말하지 않습니다 — 10x 공개 자료의 B세포 7,460개를 열어 IMGT 배선 서열과 맞대어 돌연변이를 직접 셉니다. IgM 은 0.99%, IgG1 은 9.38%. 그 열 배 차이가 배중심이 남긴 자국입니다.

🏹 항체🧬 V(D)J🔁 체세포 과돌연변이 🔀 클래스 전환🐍 Python🔬 10x VDJ·IMGT🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

🔬돌연변이를 직접 센다

IMGT 배선 서열을 내려받아 10x contig 위에 미끄러뜨리고 다른 글자를 셉니다. IgM 0.99% · IgG1 9.38% — 이 숫자는 인용이 아니라 여러분의 브라우저가 방금 계산한 값입니다.

📏도구의 한계를 먼저 적는다

우리 정렬은 틈을 못 넣습니다. 10강이 그것을 먼저 적고, 그 한계가 결론을 흔드는지 따져 봅니다 — 열 배 차이는 흔들리지 않아요.

🎯예상을 먼저 적는다

19강에서 종양 B세포에 대한 예상 셋을 먼저 적고 확인합니다. 셋 다 빗나갑니다. 그 결과를 그대로 적고, 왜 그런지 못 가른다는 것까지 적어요.

🧪흠을 흠째로 준다

이중체를 지우지 않았습니다. 17강에서 표본이 클수록 늘어난다는 것으로 그 정체를 밝히고, 결론이 흔들리는지 다시 확인합니다.

전체 커리큘럼

두 번째 수용체 — 몸 밖으로 내보낼 수 있는 것

T세포 수용체는 세포에 붙박여 있고, B세포 수용체는 떼어 낼 수 있다

항체의 구조 — Fab 가 잡고 Fc 가 부린다

Y 자 하나에 일이 둘 · 팔 끝은 사람마다 다르고 밑동은 모두 같다

【실습】 B세포 7,460개를 연다

10x Genomics 공개 BCR 자료 네 표본 · 사슬 15,853줄

κ 와 λ — 세 사람에게서 같은 비가 나온다

가벼운 사슬 두 갈래 · 우리 자료의 κ 비율 59.3% · 57.5% · 59.5%

대립유전자 배제 — 세포 하나에 수용체 한 가지

우리 자료에서 무거운 사슬이 하나뿐인 세포 95.1%

V(D)J 조합 — 배선 유전자만으로 2,400만 가지

IGHV 125 × IGHD 38 × IGHJ 6 = 28,500 · 가벼운 사슬과 짝지으면 2,422만

CDR3 — 다양성이 한자리에 모인다

우리 자료의 무거운 사슬 CDR3 중앙값 18 아미노산 · 아이소타입마다 다르다

배중심 — 몸 안에서 진화가 일어나는 유일한 자리

변이 · 선택 · 증식이 한 방 안에서 며칠 만에 돈다

AID — 스스로 유전자를 망가뜨리는 효소

C 를 U 로 바꾸는 한 가지 일 · 그 하나가 과돌연변이와 클래스 전환을 둘 다 한다

【실습】 배선과 맞대어 돌연변이를 직접 센다

IgM 0.99% · IgG1 9.38% — 우리가 계산한 값

클래스 전환 — 팔은 두고 자루만 갈아 끼운다

잘라 낸 DNA 는 돌아오지 않는다 · 그래서 전환은 한 방향뿐이다

【실습】 아이소타입을 세고 돌연변이와 맞대어 본다

건강한 혈액에서 전환된 B세포는 10~16% · 그 소수가 변이의 대부분을 가진다

전환된 세포의 CDR3 는 왜 더 짧은가

IgD 20 · IgM 18 · IgG 17 · IgA2 16 — 선택이 남긴 자국

자루가 정하는 것 — 보체 · 태반 · 점막

같은 팔을 달아도 자루가 다르면 전혀 다른 일이 벌어진다

Fc 수용체 — 항체가 세포를 부린다

항체는 스스로 죽이지 못한다 · 죽일 수 있는 세포를 데려올 뿐이다

공개 클론이 없다 — T세포와 갈리는 자리

여섯 쌍 전부 공유 CDR3 0개 · 같은 시료의 T세포는 12개였다

사슬이 둘인 세포 — 규칙이 깨진 것인가 자료가 깨진 것인가

PBMC-A 4.9% · MEL 8.2% — 실험 규모가 커지면 늘어난다

치료용 항체 — IgG1 과 IgG4 를 왜 갈라 쓰나

항-PD1 은 IgG4 · 항-CTLA4 와 리툭시맙은 IgG1 · 이유가 정반대다

【실습】 종양 안의 B세포 — 네 표본을 한 표로

흑색종 B세포 5,644개 · 혈액과 무엇이 같고 무엇이 다른가

정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

20강에서 계산한 값과, 그 값이 닿지 못하는 곳