20강 / 20강

정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

20강에서 계산한 값과, 그 값이 닿지 못하는 곳

이 20강에서 우리가 직접 계산한 것

강	무엇을 쟀나	값
4	κ 비율 (세 사람)	59.3% · 57.5% · 59.5%
5	무거운 사슬이 하나뿐인 세포	95.1% (PBMC-A)
6	배선 조합만으로 만들 수 있는 항체	2,422만 가지
7	IGH CDR3 길이 중앙값	18 — 네 표본 모두
10	체세포 과돌연변이 (IgM vs IgG1)	0.99% vs 9.38%
12	건강한 혈액의 전환된 B세포	10.1~16.1%
13	CDR3 길이 (IgD → IgA2)	20 → 16
16	표본끼리 공유하는 CDR3	여섯 쌍 전부 0개
16	같은 조건 T세포의 공유 CDR3	12 · 18 · 3 · 2개
17	이중체로 보이는 세포 (표본 크기순)	1.2% → 4.9% → 8.2%
19	흑색종 B세포 최대 클론	5,644 세포 중 6개

고등학생스무 강을 한 줄로 꿰면

이 강의의 뼈대는 사실 물음 네 개 였다.

물음	강	답의 요지
항체는 어떻게 다양해지나	6~7강	부품 곱셈 + 이음매의 어긋남
어떻게 좋아지나	8~10강	배중심에서 무작위 변이 + 냉정한 선택
어떻게 쓰임새를 바꾸나	11~15강	클래스 전환 — 날은 두고 손잡이만
이것을 자료에서 어떻게 보나	3~5, 16~20강	세고, 견주고, 기준선과 비교한다

개념 셋과 방법 하나 — 이것이 B세포 수용체 분석의 전부다

말할 수 있는 것

✔ 자신 있게

클래스 전환과 체세포 과돌연변이는 같이 간다.
IgM 1% 대, IgG·IgA 6~10%. 네 표본에서 방향이 같다.

κ:λ 비는 사람마다 안정적이다.
59.3 · 57.5 · 59.5% — 2%포인트 안.

B세포에는 공개 클론이 거의 없다.
같은 자료의 T세포에는 있다. 세포만 다르다.

배제 규칙이 깨져 보이는 세포의 대부분은 이중체다.
표본 크기와 함께 커진다 — 생물학이라면 그럴 이유가 없다.

✘ 말할 수 없는 것

배중심 안에서 무슨 일이 일어나는지.
말초혈액에는 배중심 B세포가 없다. 결과만 봤다.

돌연변이의 정확한 값.
틈 없는 정렬이라 indel 이 있으면 부풀려진다.

친화도가 실제로 올랐는지.
변이 수는 셌지만 결합 세기는 재지 않았다.

공개 BCR 이 없다는 것.
몸의 1억분의 1을 봤을 뿐이다.

흑색종 B세포가 왜 혈액과 닮았는지.
TLS 부재 · 혈액 오염 · 형질세포 누락 — 못 가른다.

닫기 전에 <b>무엇을 만졌는지</b> 한 번 더 봅니다.

Python 브라우저에서 실행

# 이 강의가 만진 자료를 마지막으로 한 번 더
import bc

t = bc.facts()["total"]
print("이 강의가 다룬 것")
print(f"  표본        {len(bc.SAMPLES)}개")
print(f"  B세포       {t['cells']:,}개")
print(f"  사슬        {t['contigs']:,}줄")
print(f"  무거운 사슬  {t['igh']:,}줄")
print(f"  돌연변이 계산 {t['shm_measured']:,}줄")
print()
print(bc.summary().to_string())
print()
print("전부 공개 자료입니다. 여러분의 브라우저 안에서 방금 계산됐고요.")

고등학생이 강의에서 계속 반복된 사고 습관

내용보다 오래 남을 것들이다.

습관	나온 곳
기준선 없이 "많다" 를 말하지 않는다	6강 IGHV3-23, 12강 전환율
세는 단위를 확인한다 (세포? 사슬?)	3강
RNA 수준과 DNA 수준을 구분한다	5강, 11강 IgM+IgD
결과를 원인으로 착각하지 않는다	13강 CDR3 길이
0 은 "없음" 이 아니다	16강 공유 클론
전처리 선택을 명시한다	17강 이중체
문턱을 정해야 셀 수 있다	7강 클론 정의

서열 분석은 서열을 읽는 일이 아니라, 무엇과 비교할지를 정하는 일이다

다음에 갈 곳

이 강의의 어디	이어지는 과목	거기서 무엇을
8강 · Tfh 의 도움	T세포 첫걸음	CD4 아형이 어떻게 갈라지고 무엇을 정하는지
8강 · MHC-II 에 얹기	항원제시 첫걸음	얹는 기계가 어떻게 생겼는지
15강 · ADCC 와 CD16	NK세포와 수지상세포 첫걸음	부름을 받는 쪽의 셈법
18강 · IgG1 대 IgG4	면역관문과 면역치료 첫걸음	Fc 선택이 임상 결과에 어떻게 나타나는지
19강 · 종양 안의 면역	종양침윤림프구 첫걸음 · 공간전사체 첫걸음	누가 어디에 있는지를 좌표로

고등학생여기서 어디로 가나

관심	다음 과목
T세포 쪽의 같은 이야기	/tcell — TCR 레퍼토리
항원이 어떻게 제시되나	/antigen
브레이크를 푸는 약	/checkpoint
클래스를 정하는 신호들	/cytokine
조직 안 위치까지 보기	/spatial
통계적 판단을 다지기	/stat

한 가지만 더 해 본다면

공개 자료를 하나 내려받아, 이 강의에서 쓴 코드를 그대로 돌려 보라. 같은 코드가 다른 자료에서 다른 값을 낼 것이다. 그 차이가 왜 났는지 설명할 수 있으면 이 강의를 다 배운 것이다.

배운 코드를 새 자료에 걸어 보는 것 — 그것이 다음 단계다

고등학생마지막으로, 항체라는 물건에 대하여

항체는 이상한 분자다. 유전체에 완성된 채로 적혀 있지 않고, 세포가 자기 DNA 를 잘라 붙여 만들고, 만든 뒤에도 일부러 망가뜨려 가며 다듬고, 다 되면 손잡이를 갈아 끼운다.

이 모든 과정이 무엇이 올지 모른다 는 전제 위에 서 있다. 미리 다 준비할 수 없으니, 만드는 법 을 준비해 둔 것이다. 정답을 외우는 대신 문제 푸는 법을 갖춘 셈이다.

그래서 서열을 읽는 일이 값어치가 있다

한 사람의 BCR 서열 뭉치는 그 사람이 지금까지 무엇을 만났고 무엇에 반응했는지의 기록이다. 병력 기록보다 정직하다. 스무 강 동안 우리가 한 일은 그 기록을 읽는 연습이었다.

면역계는 기억을 서열로 적는다 — 우리는 이제 그 글자를 읽을 수 있다

🤔 확인 문제

이 강의가 자신 있게 말할 수 있다고 정리한 것은?

🤔 확인 문제

돌연변이율 절대값을 이 강의가 조심스럽게 다룬 이유는?

🤔 확인 문제

B세포 이야기를 한 문장으로 줄이면?