2만 개 유전자 중에서
총사령관 하나를 찾아냅니다
KAIST 조광현 교수 연구팀은 폐암세포가 태아로 변장해 면역세포를 따돌린다는 것을 밝혀내고, 그 변장을 지휘하는 마스터 조절자 DDX54 를 ARACNE → VIPER → DIGGIT 3단계 분석으로 찾아냈습니다.
이 20강에서는 그 세 단계를 TCGA 공개 원자료 로 여러분이 직접 다시 돌립니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
💡비유로 이해하기
상호정보량은 스무고개, 레귤론은 부하 직원 명단, VIPER는 부하들의 움직임으로 상사를 읽는 일. 수식을 외우기 전에 뜻부터 그림으로 잡습니다.
▶️진짜 데이터로
대리 자료가 아닙니다. TCGA 폐선암 515명 의 발현·돌연변이·복제수와 GEO GSE285342 원자료를 그대로 씁니다.
🔬논문과 대조하며
우리가 계산한 Regulator score 순위를 논문 부록 Table S2A 의 실제 값과 나란히 놓고 맞는지 따집니다.
🛠️만지며 익히기
강마다 실험실 위젯이 하나씩 — DPI 허용오차, 레귤론 크기, 조절자 분위 기준을 직접 돌려 봅니다.
전체 커리큘럼
01
면역 사막의 역설 — 표적이 이렇게 많은데 왜 안 잡힐까
프로토콜 §1 목적 · 우리가 20강 동안 쫓을 사건
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02
재료와 도구 — ARACNE · VIPER · DIGGIT 3단 파이프라인
프로토콜 §2 재료 · 왜 세 단계여야 하는가
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03
표본 고르기 — 11,070명에서 시작한다
프로토콜 Phase I 준비 · 항원제시 경로가 멀쩡한 환자만
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04
두 무리로 가르기 — 사막과 염증의 경계선
프로토콜 Phase I 준비 · 비교할 두 무리를 정의한다
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05
면역사막 시그니처 — 네트워크에 던질 질문지 만들기
프로토콜 Phase I · ARACNE 앞의 준비 단계
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06
상호정보량 — 상관계수가 못 보는 관계를 본다
프로토콜 Phase I-1 · ARACNE 의 심장
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07
ARACNE ① — 전사인자와 표적을 잇는다
프로토콜 Phase I-1 · 상호정보량 문턱과 부트스트랩 100회
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08
ARACNE ② — 간접 링크를 잘라 내고 레귤론을 만든다
프로토콜 Phase I-1 · 데이터 처리 부등식(DPI)
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09
VIPER ① — 부하들의 움직임으로 상사를 읽는다
프로토콜 Phase I-2 · 가상 프로테오믹스라는 발상
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10
VIPER ② — 켜는 부하와 끄는 부하를 구별한다
프로토콜 Phase I-2 · Mode of Regulation 과 가중치
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11
VIPER ③ — aREA 로 활성을 숫자 하나로 만든다
프로토콜 Phase I-2 · 순위 농축과 NES
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12
핵심 전사인자 — 활성은 변하는데 발현은 안 변한다
프로토콜 Phase I-2 → I-3 을 잇는 결정적 관찰
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13
DIGGIT ① — 전사인자 위에 누가 있는가
프로토콜 Phase I-3 · 유전적 원인까지 거슬러 올라가기
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14
DIGGIT ② — 복제수가 발현을 끌고 가는 유전자만 남긴다
프로토콜 Phase I-3 · F-CNV 로 후보 좁히기
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15
DIGGIT ③ — 조건부 상호정보량으로 '변조자'를 잡는다
프로토콜 Phase I-3 · MINDy
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16
DIGGIT ④ — Regulator score, 그리고 논문과의 정면 대조
프로토콜 Phase I-3 결과 · 우리는 어디까지 재현했나
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17
Phase II — 용의자를 실제로 꺼 본다
프로토콜 Phase II · shRNA · CRISPR · 퓨로마이신 · qRT-PCR · Western
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18
Phase III — 태아 가면이 벗겨지는가
프로토콜 Phase III · 영양막·태반 시그니처 · CD38 · CD47
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19
Phase IV — 동종이식 생쥐 4군과 항-PD1 투여
프로토콜 Phase IV · 접종 · 무작위 배정 · 투약 일정
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20
Phase V — 종양 · 생존 · 침윤, 그리고 재현 판정
프로토콜 Phase V · 우리가 확인한 것과 확인하지 못한 것
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