DIGGIT ④ — Regulator score, 그리고 논문과의 정면 대조

마지막 조립입니다. 후보 유전자 하나마다 이렇게 셉니다.

핵심 전사인자 하나하나에 대해, 아래 세 조건을 모두 만족하면 1점

  ① MINDy  — 그 TF 의 표적 관계를 유의하게 변조한다
  ② aQTL   — 조절자의 복제수가 그 TF 의 활성과 연동된다
  ③ 독립성 — 조절자가 그 TF 자신과 강하게 상관되어 있지 않다
              (상관되어 있으면 '변조'가 아니라 '동반 조절'일 수 있다)

Regulator score = 1점을 받은 핵심 TF 의 개수

③ 이 왜 필요한지 짚어 둡시다. 조절자 M 이 전사인자 T 와 강하게 상관되어 있다면, M 으로 표본을 가르는 것은 사실상 T 로 표본을 가르는 것과 같습니다. 그러면 T—표적 관계가 달라지는 것이 당연하고, 변조의 증거가 되지 못합니다.

우리가 얻은 순위표

아래 위젯에서 우리 결과와 논문 Table S2A 를 나란히 볼 수 있습니다. 먼저 결론부터 정직하게 적어 둡니다.

이것을 실패라고 부르지 않습니다. 부분 재현이라고 부르고, 왜 그만큼인지를 따지는 것이 재현 연구의 본체입니다.

① 을 숫자로 재 본다 — 우리 선과 논문 선은 얼마나 다른가

여섯 갈래 중 첫째만은 직접 잴 수 있습니다. 4강에서 TCIA 의 TIL 지도 542장을 실어 두었으니까요.

논문의 brisk / non-brisk 는 병리의사가 지도를 눈으로 보고 붙인 라벨이라 우리에게 없습니다. 대신 지도에서 우리가 직접 센 TIL 비율에 5% 선을 그어 그 판정을 흉내 냅니다. 폐선암 458장에서 이 5% 선은 논문의 병리 라벨을 81% 맞히고 AUC 는 0.896 입니다 — 완벽하지는 않지만, 병리의사의 눈을 대신 세우기에는 충분한 자입니다.

🎮 순위표 대조

우리 결과와 논문 Table S2A 를 나란히 놓고, 논문의 마스터 조절자들이 우리 순위표 어디에 있는지 표시합니다. DDX54 도 눈에 띄게 표시됩니다.

순위는 못 맞혔습니다. 그러면 생물학도 틀렸을까요?

여기서 멈추면 "재현 실패" 라고 쓰고 끝납니다. 하지만 우리가 실제로 못 맞힌 것은 순위 하나입니다. 논문의 진짜 주장은 순위가 아니라 이것이었어요 —

이건 DIGGIT 없이도 물어볼 수 있는 질문입니다. 표본을 DDX54 발현으로 가르고, 그 두 무리 사이에서 경로가 움직였는지만 보면 되니까요. 논문 저자들도 정확히 그렇게 했습니다 — SI Fig. S4 입니다.

그리고 중요한 점: 저자들은 그 확인을 TCGA 가 아닌 다른 자료로 했습니다. 같은 자료로 같은 결론을 다시 내면 그건 확인이 아니라 메아리니까요.

둘 다 GEO 에서 그대로 받아, 우리가 쓰는 1,807 유전자 조각으로 줄여 실어 두었습니다. 줄였기 때문에 치를 대가가 있는데, 그건 곧 보게 됩니다.

이제 각 코호트에서 DDX54 상위 3분의 1 과 하위 3분의 1 을 갈라, 그 사이에서 경로 여섯 개가 움직였는지 봅니다. 농축 검정은 새로 짜지 않습니다 — 11강에서 만든 순위 농축을 그대로 씁니다.

세 코호트를 나란히 놓으면 이렇습니다.

둘은 표본이 넉넉한 두 코호트에서 크고 일관되게 재현되고, 셋은 오히려 반대 방향입니다. 이것이 우리가 실제로 얻은 결과이고, 그대로 적는 것이 재현 연구입니다.