Phase V — 종양 · 생존 · 침윤, 그리고 재현 판정

프로토콜 Phase V-1 · 종양 부피

디지털 캘리퍼로 이틀마다 종양의 긴 쪽과 짧은 쪽을 잽니다. 부피는

이 식은 종양을 회전타원체로 보고, 재지 못하는 세 번째 축(높이)이 너비와 같다고 가정한 근사입니다. 정확하지는 않지만 모든 군에 똑같이 적용되므로 군 사이 비교에는 충분합니다.

프로토콜 Phase V-2 · 생존 분석

매일 관찰해 생존을 기록하고 카플란-마이어 곡선을 그립니다. 계단 모양으로 떨어지는 그 그래프예요.

이 방법이 필요한 이유는 중도절단(censoring) 때문입니다. 실험이 끝나는 날까지 살아 있는 생쥐, 종양과 무관한 이유로 빠진 생쥐 — 이들을 어떻게 세느냐가 문제인데, 카플란-마이어는 관찰된 기간까지만 정보로 쓰고 그 뒤는 모른다고 처리합니다.

프로토콜 Phase V-3 · 면역세포 침윤

여기가 이 연구의 진짜 결론입니다. 종양을 꺼내 잘게 다지고 효소로 풀어 단세포 현탁액을 만든 뒤, 형광 항체로 염색해 유세포분석기로 셉니다. CD3⁺(T세포) · CD8⁺(세포독성 T세포) · NK1.1⁺(NK세포).

그런데 숫자만으로는 부족합니다. 논문이 특히 강조한 것은 위치 였습니다.

이 차이를 보려면 공간 정보가 필요합니다. 조직을 갈아 버리는 유세포분석만으로는 "몇 개가 있는가"만 알 뿐 "어디에 있는가"를 알 수 없어서, 논문은 조직 절편 이미지와 공간전사체(Xenium)를 함께 썼습니다.

재현 판정 — 우리는 어디까지 확인했나

이제 20강 전체를 놓고 정직하게 채점합니다. 재현 연구의 결론은 "맞다/틀리다" 가 아니라 "내가 확인할 수 있었던 범위에서 이러했다" 입니다.

🎮 재현 판정기

항목을 켜고 끄고, 판정 기준선을 옮겨 보세요. 기준을 어디에 두느냐에 따라 같은 자료가 다른 결론이 됩니다 — 이것을 체감하는 것이 이 강의의 마지막 목표입니다.

20강을 마치며

우리는 논문 한 편의 계산 부분(Phase I) 을 처음부터 다시 돌리고, 세포 실험 부분(Phase II·III) 을 공개 원자료로 검증했으며, 생체 실험 부분(Phase IV·V) 은 설계의 논리를 따라가며 읽었습니다.

결과는 부분 재현 입니다. 논문의 큰 줄기 — 태아 흉내 프로그램, CD38 · CD47 의 감소, microRNA 공장의 재가동 — 는 우리 손으로도 확인되었습니다. 그러나 DDX54 를 1위 로 재현하지는 못했고, Myc 표적 경로는 방향이 반대로 나왔습니다.

이것이 시스템생물학의 정상적인 모습입니다. 파이프라인이 길수록 참조 데이터베이스 판본 하나, 문턱 하나, 표본 정의 하나가 결과를 바꿉니다. 그래서 코드와 파라미터를 공개하는 일이 결론을 발표하는 일만큼 중요합니다.

그리고 마지막으로 — 이 연구의 가치는 순위표에 있지 않습니다. 암세포가 태아의 면역 회피 장치를 훔쳐 쓴다는 발견, 그 스위치를 끄면 면역 사막이 오아시스가 된다는 증명, 그것이 면역항암제가 안 듣던 환자들에게 새 길을 연다는 것 — 그 부분은 우리 계산이 1위를 맞히든 못 맞히든 그대로 남습니다.