PDB 에 없는 단백질의
모양을 지었다면,
그것을 얼마나 믿어야 하나
2017년, 세 연구자가 암 표적 Ror1 에 붙을 약을 컴퓨터로만 찾으려 했습니다. 그런데 첫 단계에서 막혔어요 — 이 단백질의 구조가 어디에도 없었습니다.
이 20강은 그들이 서열 388글자에서 좌표 수천 개를 지어낸 과정을 따라가고, ProSA Z-score · 라마찬드란 · Verify3D · 예상 RMSD 로 그 결과를 하나씩 잽니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
🧩짓는 법과 재는 법을 함께
예측 서버는 무엇을 넣어도 좌표를 뱉습니다. 그래서 이 강의는 짓는 여섯 강 뒤에 곧바로 재는 다섯 강을 붙였습니다.
📄진짜 논문의 진짜 숫자
대리 자료가 아닙니다. PROCHECK 67.4% · 금지 영역 5잔기 · Drug Score 0.84 — 논문에 실린 값을 그대로 씁니다.
🚧없는 숫자를 세는 법
서열 동일성 · C-score · 쌍별 RMSD · 오차범위. 이 강의는 논문에 있는 숫자만큼 없는 숫자를 세는 법을 가르칩니다.
🛠️만지며 익히기
강마다 실험실 위젯이 하나씩 — 나선을 비틀고, φ·ψ 를 옮기고, 주형 범위를 밀고, 주머니 순위를 다시 매겨 봅니다.
전체 커리큘럼
01
PDB 에 없다 — 그래서 지어야 했다
Nath 2017 「Secondary and tertiary structure analysis」 · Fig. 4
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02
사슬에서 모양으로 — 네 층으로 나눠 보는 이유
1차 · 2차 · 3차 · 4차 구조, 그리고 예측이 실제로 다루는 층
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03
α나선과 β병풍 — 같은 수소결합, 다른 짜임
Fig. 1 「Secondary structure analysis of the Ror1 protein」
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04
고리 — 모양이 없는 게 아니라 하나로 정해지지 않는 것
GOR4 가 388잔기 중 234잔기를 코일로 불렀다
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05
이황화결합 — Cys164 와 Cys168 이 묶은 것
PROMOTIF 이 t-Ror1 에서 찾은 다리 하나
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06
GOR4 와 PROMOTIF — 서열만 보고 나선을 맞히는 법
논문이 쓴 두 도구가 서로 다른 일을 한다
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07
서열에서 3D 로 가는 세 갈래 — 무엇을 빌려 오는가
상동모델링 · 스레딩 · ab initio
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08
주형 찾기 — 절반만 덮였다
Fig. 2 「Template search using BLASTp tool」
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09
I-TASSER — 조각을 이어 붙여 짓는다
논문이 최종으로 고른 도구
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10
도구가 여섯이면 답도 여섯 — 무엇으로 고르나
CPHmodels · Phyre2 · PS2v2 · RaptorX · Modeller · I-TASSER
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11
ProSA Z-score — 음수가 좋다는 이상한 눈금
Fig. 3a·b 「Z-score and number of amino acids」
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12
SAVES 와 3D-1D 점수 — 97.16% 가 뜻하는 것
Supplementary Fig. S1a·b · 「97.16% of residues had 3D-1D score ≥ 0.2」
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13
라마찬드란 그림 — 67.4% 는 좋은 성적이 아니다
PROCHECK: 67.4 / 27.3 / 3.8 / 1.6 %
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14
RMSD 1.5 Å — 무엇과 견준 값인가
「The RMSD value was predicted to be 1.5 angstroms from the native structure」
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15
구조 다듬기 — 수소를 붙이고 충돌을 푼다
Schrodinger Protein Preparation Wizard · 「steric clash between OD2 (ASP 66) and OH (TYR 96)」
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16
도메인 찾기 — CD-Search 와 E-value 가 말한 것
Fig. 5 「Domain Analysis by CD Search」 · Pkc_like superfamily
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17
가짜 인산화효소 — 아미노산 몇 개가 빠지면 효소가 아니다
「Ror1 lacks several key amino acids … Ror1 is a pseudo-kinase devoid of catalytic activity」
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18
주머니 찾기 — 없는 활성부위를 예측한다는 것
DogSiteScorer · Schrodinger SiteMap · 「The active site of the protein is not known」
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19
【실습】 Table 1 을 다시 읽는다 — Drug Score 0.84 는 무엇인가
Table 1 「Active Site analysis of the Protein Ror1 using DogSiteScorer」
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20
정리 — 예측 구조로 말할 수 있는 것과 없는 것
그리고 여기서 /dock 으로
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