6강 / 20강
GOR4 와 PROMOTIF — 서열만 보고 나선을 맞히는 법
논문이 쓴 두 도구가 서로 다른 일을 한다
논문 Methods 는 이렇게 적습니다 — "2차 구조 예측은 PROMOTIF 과 GOR4 도구로 수행하였다."
한 문장에 나란히 놓였지만 두 도구는 입력이 다릅니다.
GOR4
입력: 아미노산 서열
통계로 각 잔기가 나선·병풍·고리일 확률을 매깁니다.
구조가 없어도 씁니다 — 예측입니다.
통계로 각 잔기가 나선·병풍·고리일 확률을 매깁니다.
구조가 없어도 씁니다 — 예측입니다.
PROMOTIF
입력: 3차원 좌표(PDB 파일)
이미 있는 구조에서 나선·병풍·턴·이황화결합을 찾아 셉니다.
예측이 아니라 측정입니다.
이미 있는 구조에서 나선·병풍·턴·이황화결합을 찾아 셉니다.
예측이 아니라 측정입니다.
그러니 논문의 순서는 사실 이랬을 겁니다 — GOR4 로 서열에서 예측 → 3차 구조를 지음 → PROMOTIF 으로 그 모델을 분석. Methods 한 문장이 두 시점을 뭉갠 것이죠.
잔기 하나씩만 보면 이렇게 흔들립니다. 실제 GOR 은 창(window) 안의 이웃까지 함께 봐서 이 잡음을 눌러요.
Python
브라우저에서 실행
창을 넓히면 잡음이 줄지만 진짜 짧은 나선도 같이 사라집니다. 모든 평활화의 값이 그렇죠.
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
GOR4 와 PROMOTIF 의 결정적 차이는?
해설 GOR4 는 예측, PROMOTIF 은 이미 있는 좌표에 대한 측정입니다. 논문 Methods 한 문장이 두 시점을 뭉개 놓았어요.
🤔 확인 문제
2차 구조 예측이 가장 자주 틀리는 자리는?
해설 경계입니다. 그래서 "나선 몇 개" 라는 숫자는 경계를 어디로 잡느냐에 크게 흔들립니다.