12강 / 20강

SAVES 와 3D-1D 점수 — 97.16% 가 뜻하는 것

Supplementary Fig. S1a·b · 「97.16% of residues had 3D-1D score ≥ 0.2」

논문은 SAVES 서버를 돌려 이렇게 보고합니다 —

잔기의 97.16% 가 3D-1D 점수 ≥ 0.2

SAVES 는 여러 검사를 한꺼번에 돌려 주는 묶음 서버입니다. 그중 이 숫자는 Verify3D 의 결과예요.

고등학생옷이 자리에 어울리는가

수영복을 입고 졸업식에 갔다면 옷이 잘못된 게 아니라 자리가 안 맞는 겁니다.

3D-1D 점수가 정확히 이걸 봅니다 — 이 아미노산이 이런 자리에 있는 게 자연스러운가.

아미노산	어울리는 자리
류신(기름 좋아함)	단백질 속에 묻힘
아스파르트산(전하 있음)	표면, 물과 닿는 곳

반대로 놓이면 점수가 떨어집니다.

숫자 하나를 받으면 기준선과 나머지를 함께 계산하는 습관을 들이세요.

Python 브라우저에서 실행

# 기준선을 먼저 세웁니다. 97.16% 는 좋은 값인가?
rows = [
    ("Verify3D 통과 기준", 80.0, "잔기의 80% 이상이 3D-1D >= 0.2"),
    ("논문의 t-Ror1 모델", 97.16, "논문에 적힌 값"),
    ("전형적인 고해상도 X선 구조", 95.0, "대개 90~100%"),
]
print(f"{'무엇':28s}{'%':>8s}   설명")
print("-" * 74)
for name, v, desc in rows:
    print(f"{name:28s}{v:>8.2f}   {desc}")
print()
print("97.16% 는 통과 기준을 넉넉히 넘습니다. 여기까지는 좋은 소식입니다.")
print()
print("다만 388잔기의 2.84% 는", round(388*0.0284, 1), "잔기 —",
      "약 11잔기가 환경에 안 어울립니다.")
print("어느 11잔기인지가 중요한데, 논문은 적지 않았습니다.")

논문은 이 그림을 보충자료에 넣었지만 어느 잔기가 떨어졌는지는 본문에 적지 않았습니다. 그 정보가 가장 쓸모 있는데요.

Python 브라우저에서 실행

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

rng = np.random.default_rng(23)
n = 388

# 3D-1D 프로파일을 흉내 냅니다: 주형 구간(1-194)은 안정, 지어낸 구간은 흔들림
score = np.concatenate([
    rng.normal(0.52, 0.10, 194),
    rng.normal(0.36, 0.20, 194),
])
score = np.clip(score, -0.2, 1.0)

fig, ax = plt.subplots(figsize=(7.4, 3.0))
ax.plot(np.arange(1, n+1), score, lw=0.9, color="#3d5a80")
ax.axhline(0.2, color="#e07a5f", ls="--", lw=1.2, label="3D-1D = 0.2")
ax.axvspan(195, 388, alpha=0.10, color="#999")
ax.text(291, 0.92, "no template", ha="center", fontsize=8, color="#666")
ax.set_xlabel("residue"); ax.set_ylabel("3D-1D score")
ax.legend(fontsize=8, frameon=False)
ax.set_title("what a per-residue Verify3D plot would show")
plt.tight_layout()
plt.show()

below = (score < 0.2).sum()
print("0.2 아래 잔기:", below, "개 (", round(100*below/n, 2), "% )")
print("그중 주형 없는 구간:", (score[194:] < 0.2).sum(), "개")

🤔 확인 문제

3D-1D 점수가 묻는 것은?

🤔 확인 문제

Verify3D 를 통과했는데도 구조가 크게 틀릴 수 있는 경우는?