9강 / 20강

I-TASSER — 조각을 이어 붙여 짓는다

논문이 최종으로 고른 도구

논문은 여섯 도구 중 I-TASSER 의 결과를 골랐습니다. 이유는 두 가지였어요 — Z-score 가 가장 좋았고, 가장 완전한 구조를 만들어 주었기 때문입니다.

"가장 완전한" 이 무슨 뜻일까요? 주형이 앞쪽 50%만 덮었으니, 순수한 상동모델링 도구는 덮인 구간만 만들고 나머지는 비웁니다. I-TASSER 는 비우지 않아요.

I-TASSER 가 주는 신뢰도 지표 중 논문이 적은 것은 하나뿐입니다. 그것도 가장 오해하기 쉬운 것으로요.

Python 브라우저에서 실행

# I-TASSER 는 신뢰도를 C-score 로 보고합니다. 논문은 이 값을 적지 않았습니다.
# 그래도 C-score 가 무엇을 뜻하는지는 알아 두어야 합니다.
rows = [
    ( 2.0, "매우 높음", "접힘이 거의 확실"),
    ( 0.5, "높음",      "접힘은 맞을 가능성 큼"),
    (-1.5, "경계",      "여기 아래는 접힘도 의심"),
    (-3.0, "낮음",      "사실상 지어낸 것"),
]
print("C-score  신뢰도      뜻")
print("-" * 46)
for c, lev, desc in rows:
    bar = "#" * int((c + 5) * 2)
    print(f"{c:>6.1f}   {lev:9s} {desc}")
print()
print("범위는 -5 부터 +2 입니다. -1.5 가 보통 쓰는 경계선이에요.")
print()
print("논문에 적힌 C-score:  (없음)")
print("논문에 적힌 예상 TM-score: (없음)")
print("논문에 적힌 예상 RMSD:", "1.5 A  ← 14강에서 이 값을 따집니다")

고등학생위 코드가 방금 무슨 일을 했나요

I-TASSER 가 함께 주는 신뢰도 지표 C-score 의 눈금을 보여 줬습니다.

C-score	뜻
+2 쪽	접힘이 거의 확실
−1.5	보통 여기를 경계로 씁니다
−5 쪽	사실상 지어낸 것

그리고 마지막 세 줄이 핵심입니다 — 논문에 적힌 C-score: 없음. 예상 TM-score: 없음.

신뢰도를 알려 주는 지표를 도구가 공짜로 주는데 논문이 옮겨 적지 않았어요. 그래서 우리는 이 모델을 어느 정도 믿어야 할지 알 수가 없습니다.

별이 각 무리의 중심입니다. I-TASSER 는 가장 큰 무리의 별을 답으로 냅니다 — 가장 좋은 것이 아니라 가장 자주 나온 것을요.

Python 브라우저에서 실행

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

rng = np.random.default_rng(11)

# 군집화 단계를 그림으로: 후보 구조 400개를 2차원으로 눌러 그렸다고 상상합니다.
big  = rng.normal([0, 0],   [1.0, 1.0], (240, 2))
mid  = rng.normal([4.5, 2], [0.8, 0.8], (90, 2))
small= rng.normal([-3, 4],  [0.7, 0.7], (70, 2))

fig, ax = plt.subplots(figsize=(5.6, 4.0))
for pts, c, lab in [(big, "#3d5a80", "cluster 1 (n=240)"),
                    (mid, "#e07a5f", "cluster 2 (n=90)"),
                    (small, "#8a9a5b", "cluster 3 (n=70)")]:
    ax.scatter(pts[:, 0], pts[:, 1], s=10, alpha=0.5, color=c, label=lab)
    ax.scatter(*pts.mean(0), s=140, marker="*", color=c, edgecolor="k", lw=0.5)

ax.legend(fontsize=8, frameon=False)
ax.set_title("I-TASSER: the biggest cluster wins")
ax.set_xticks([]); ax.set_yticks([])
plt.tight_layout()
plt.show()

🤔 확인 문제

I-TASSER 가 주형이 없는 구간에서 하는 일은?

🤔 확인 문제

I-TASSER 의 C-score 에 대해 옳은 것은?