8강 / 20강

주형 찾기 — 절반만 덮였다

Fig. 2 「Template search using BLASTp tool」

논문 Fig. 2 는 BLASTp 결과 화면을 그대로 실은 그림입니다. NCBI BLAST 를 써 본 사람이면 익숙한, 가로 막대가 늘어선 그림이죠.

논문 본문의 문장은 딱 한 줄입니다 —

"주형 검색 결과, 서열의 초기 영역 약 50%만 덮는
서열들이 나왔다."

이 한 줄에 이 논문 전체의 신뢰도가 걸려 있습니다. 왜 그런지 이 강에서 봅니다.

고등학생절반만 그려진 지도

보물찾기 지도를 받았는데 왼쪽 절반만 그려져 있습니다. 오른쪽은 백지예요.

여기서 두 가지 경우를 나눠 봅시다 —

어떤 지도인가	쓸 만한가
여기저기 군데군데 그려져 있다	전체 윤곽은 잡힌다
왼쪽 절반만 통째로 그려져 있다	오른쪽에 뭐가 있는지 전혀 모른다

이 논문은 두 번째 경우입니다. 논문 본문에 "초기 영역(initial region)" 이라고 적혀 있어요.

이 계산이 이 강의에서 가장 중요한 셀입니다. 흔들린 자리와 지어낸 자리가 겹칩니다.

Python 브라우저에서 실행

total = 388
covered = int(total * 0.50)     # 논문: 초기 영역 약 50%
uncovered = total - covered

print("t-Ror1        :", total, "잔기")
print("주형이 덮은 곳 :", covered, "잔기  (1 ~", covered, ")")
print("주형이 없는 곳 :", uncovered, "잔기  (", covered+1, "~", total, ")")
print()
print("주형이 없는 구간은 사실상 ab initio 로 지은 것입니다.")
print()

# 그런데 활성부위와 도킹은 어디서 일어났을까?
hot = [209, 210, 212, 213, 214, 215, 256, 344, 345]   # MD 에서 가장 흔들린 잔기
after = [r for r in hot if r > covered]
print("분자동역학에서 가장 흔들린 잔기:", hot)
print("그중 주형이 없는 구간에 있는 것:", after)
print("→", len(after), "/", len(hot), "개가 지어낸 구간에 있습니다.")

삼각형이 전부 회색 구간에 있습니다. 논문이 이 그림을 그렸다면 이야기가 달라졌을 겁니다.

Python 브라우저에서 실행

import matplotlib.pyplot as plt

fig, ax = plt.subplots(figsize=(7.4, 2.4))

ax.barh(0, 194, color="#3d5a80", height=0.5, label="template-covered (1-194)")
ax.barh(0, 194, left=194, color="#c9c9c9", height=0.5, label="no template (195-388)")

for r in [209, 210, 212, 213, 214, 215, 256, 344, 345]:
    ax.plot([r], [0.42], marker="v", color="#e07a5f", ms=6)
ax.text(280, 0.62, "MD 에서 가장 흔들린 잔기", fontsize=8, color="#e07a5f", ha="center")

ax.set_yticks([])
ax.set_xlim(0, 388)
ax.set_xlabel("residue number")
ax.legend(loc="lower center", ncol=2, fontsize=8, frameon=False)
ax.set_title("t-Ror1: what the template actually covered")
plt.tight_layout()
plt.show()

🤔 확인 문제

BLASTp 결과 그림에서 이 논문의 경우 가장 중요한 정보는?

🤔 확인 문제

주형이 앞쪽 50%에만 몰려 있는 것이 흩어져 있는 것보다 나쁜 이유는?