Lesson 13 of 20

라마찬드란 그림 — 67.4% 는 좋은 성적이 아니다

PROCHECK: 67.4 / 27.3 / 3.8 / 1.6 %

이 강이 이 강의에서 가장 중요합니다. 논문의 PROCHECK 결과를 봅시다.

영역	논문의 값	388잔기 중	좋은 구조의 기준
가장 선호(most favoured)	67.4%	약 220	≥ 90%
추가 허용(additionally allowed)	27.3%	약 89	나머지 대부분
관대 허용(generously allowed)	3.8%	약 12	거의 0
금지(disallowed)	1.6%	5잔기	0

논문은 이 숫자들을 그냥 나열하고 지나갑니다. 하지만 67.4% 는 통상적인 기준으로 낮습니다.

논문에 있는 숫자를 기준선 옆에 놓기만 해도 이야기가 달라집니다.

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import pandas as pd

pc = pd.read_csv("fold_procheck.tsv", sep="\t")
print(pc.to_string(index=False))
print()

fav = float(pc.loc[pc.region == "most_favoured", "percent"].iloc[0])
dis = float(pc.loc[pc.region == "disallowed",    "percent"].iloc[0])

print("논문 모델의 most favoured :", fav, "%")
print("좋은 구조의 통상 기준     : 90 % 이상")
print("차이                      :", round(90 - fav, 1), "%p 모자람")
print()
print("금지 영역 잔기 :", dis, "% =", pc.loc[pc.region=='disallowed','n_residues'].iloc[0], "잔기")
print("실험 구조에서 금지 영역 잔기는 보통 0 개입니다.")
print("(있다면 대개 글리신이고, 그것도 재검토 대상입니다)")

High school위 코드가 방금 무슨 일을 했나요

논문의 네 숫자를 기준선 옆에 놓았습니다. 그게 전부예요. 그런데 그것만으로 이야기가 달라집니다.

	논문	기준
가장 선호	67.4%	90% 이상
금지 영역	5잔기	0개

논문은 이 숫자들을 나열만 하고 "구조는 안정적이었다" 로 넘어갑니다.

여러분이 할 수 있는 일

논문에서 숫자를 보면 "이게 좋은 값인가?" 를 검색해 보세요. PROCHECK 설명서에 90%라고 적혀 있습니다. 5분이면 찾습니다. 그 5분이 논문을 읽는 방식을 바꿉니다.

주황 X 다섯 개가 논문이 보고한 금지 영역 5잔기입니다. 실험 구조라면 거기 있으면 안 됩니다.

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import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

rng = np.random.default_rng(31)

# 라마찬드란 지도를 흉내 냅니다. 두 개의 큰 섬(beta, alpha_R) 과 작은 섬 하나.
def island(n, cx, cy, sx, sy):
    return np.column_stack([rng.normal(cx, sx, n), rng.normal(cy, sy, n)])

pts = np.vstack([
    island(150, -120, 130, 22, 24),    # beta
    island(180,  -63, -42, 18, 16),    # alpha right
    island( 18,   57,  42, 14, 14),    # alpha left (mostly Gly)
])
outliers = np.column_stack([rng.uniform(-180, 180, 5), rng.uniform(-180, 180, 5)])

fig, ax = plt.subplots(figsize=(4.8, 4.6))
ax.scatter(pts[:, 0], pts[:, 1], s=8, alpha=0.5, color="#3d5a80")
ax.scatter(outliers[:, 0], outliers[:, 1], s=60, marker="X",
           color="#e07a5f", edgecolor="k", lw=0.5, label="5 disallowed")
ax.set_xlim(-180, 180); ax.set_ylim(-180, 180)
ax.axhline(0, lw=0.5, color="#bbb"); ax.axvline(0, lw=0.5, color="#bbb")
ax.set_xlabel("phi (deg)"); ax.set_ylabel("psi (deg)")
ax.set_title("Ramachandran plot (schematic)")
ax.legend(fontsize=8, frameon=False, loc="lower right")
plt.tight_layout()
plt.show()

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라마찬드란 그림의 두 축은?

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PROCHECK 에서 "가장 선호 영역 67.4%" 를 어떻게 읽어야 하나?