손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 II

주석을 달아야
고를 수 있다

I 권에서 서열 한 장을 받았습니다. 파일을 열면 알파벳이 1273개 줄지어 있어요. 그중 무엇을 백신에 넣을까요 — 답할 수 없습니다. 글자가 다 똑같이 생겼으니까요.
이 권은 그 문자열에 의미의 좌표를 붙입니다. Pfam 은 아는 것과 맞추고 MEME 은 모르는 채로 찾아냅니다. IEDB 는 면역계가 볼 만한 자리를 짚고, ElliPro 는 접혀야 비로소 보이는 자리를 꺼냅니다.
끝나면 숫자 넷이 남습니다 — 29,620 · 5,671 · 1,266 · 10. 이 권의 진짜 주제는 그 숫자가 왜 근거가 아닌가입니다.
파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.

🐍 Python🔖 주석🧱 도메인 🔁 모티프👁️ 에피토프📐 예측의 한계🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

🗺️지도부터 그린다

맨 문자열에서는 고를 수가 없습니다. 주석은 서열에 의미의 좌표를 붙이는 일이에요.

🔧도구의 속을 연다

Pfam·MEME·IEDB 는 겉만 다릅니다. 속은 전부 창을 굴리며 점수를 매기는 같은 뼈대예요.

📏단위를 먼저 묻는다

1,266(구간)과 10(덩어리)은 단위가 다릅니다. 단위를 모르면 개수 비교가 거짓말을 합니다.

🚧긴 목록에 속지 않는다

29,620은 훑은 양이지 찾은 양이 아닙니다. 곱셈의 결과를 성과라고 부르면 안 됩니다.

전체 커리큘럼

맨 문자열에서는 아무것도 고를 수 없다

Step 2 · 1273 글자와 Fig. 4 의 둘째 칸

도메인과 모티프와 에피토프는 서로 다른 것이다

Step 2 · 자주 뒤섞이는 낱말 셋

Pfam — 이미 알려진 것과 맞춰 본다

Step 2 · 도메인 주석 · pfam.xfam.org

MEME — 사전에 없는 무늬를 찾아낸다

Step 2 · 모티프 발견 · meme-suite.org

너비가 뜻을 나른다 — 6~15 와 20~50

Step 2 · 모티프 너비 6~50 아미노산

설정 하나가 질문을 바꾼다 — 하나만 인가 여럿 인가

Step 2 · zero or one / zero or more

창을 굴린다 — 예측 도구가 속으로 하는 일

Step 2 · 손을 움직이는 첫 강

두 갈래를 다 골라야 하는 까닭

Step 2 · MHC class I 과 CD8 · class II 와 CD4

27개로 97% — 대립유전자를 고르는 셈법

Step 2 · IEDB tc1 · 9 아미노산 · HLA class I 27개

같은 절차 다른 길이 — class II 쪽 창구

Step 2 · IEDB tc2 · 15 아미노산 · HLA class II 27개

두 숫자가 같은 곳을 가리킨다 — 점수와 퍼센타일

Step 2 · NetMHCpan EL score · EL percentile rank

문턱을 도구가 정해 준다 — 선형 B세포 예측

Step 2 · IEDB B cell · BepiPred · Karplus–Schulz

구조가 있어야 보이는 것 — 입체 에피토프

Step 2 · ElliPro · PDB 6VXX · 사슬 A·B·C

선형이 대접받는 것은 옳아서가 아니다

Step 2 · 선형 대 입체 · 예측 가능성의 편향

네 자리 숫자를 처음 만난다 — 29,620 · 5,671 · 1,266 · 10

Step 2 결과 · 예측된 에피토프 전체

긴 목록은 근거가 아니다

Step 2 · 함정 · 예측과 관찰의 거리

안쪽에 파묻힌 자리는 아무리 좋아도 소용없다

Step 2 · 표면 노출과 세포외 영역

사람이 손으로 확인해 둔 것이 있다면 그것부터 쓴다

Step 2 · UniProt Feature Viewer · GFF 내려받기

주석을 처음부터 끝까지 달아 본다

Step 2 종합 · 표 넷을 직접 만든다

주석을 마친 자리에서 말할 수 있는 것

Step 2 정리 · 그리고 말할 수 없는 것