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Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps II

You must annotate
before you can choose

Part I handed you one sequence. Open the file and there are 1273 letters in a row. Which of them goes into the vaccine? You cannot say - every letter looks the same.
This volume attaches coordinates of meaning to that string. Pfam matches against what is already known; MEME discovers without knowing. IEDB points at what the immune system might see, and ElliPro pulls out the sites that only appear once the protein folds.
You finish with four numbers: 29,620 / 5,671 / 1,266 / 10. The real subject of this volume is why those numbers are not evidence.
Python runs right inside this page. There is nothing to install.

🐍 Python🔖 annotation🧱 domains 🔁 motifs👁️ epitopes📐 limits of prediction🇬🇧 English

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How you'll learn

🗺️Draw the map first

You cannot choose from a bare string. Annotation attaches coordinates of meaning to a sequence.

🔧Open the tools up

Pfam, MEME and IEDB differ only on the surface. Inside, all of them slide a window and score it.

📏Ask the unit first

1,266 (stretches) and 10 (clusters) are different units. Compare counts without checking, and the number lies.

🚧Don't be fooled by a long list

29,620 is how much was scanned, not how much was found. A multiplication is not an achievement.

Full curriculum

맨 문자열에서는 아무것도 고를 수 없다

Step 2 · 1273 글자와 Fig. 4 의 둘째 칸

도메인과 모티프와 에피토프는 서로 다른 것이다

Step 2 · 자주 뒤섞이는 낱말 셋

Pfam — 이미 알려진 것과 맞춰 본다

Step 2 · 도메인 주석 · pfam.xfam.org

MEME — 사전에 없는 무늬를 찾아낸다

Step 2 · 모티프 발견 · meme-suite.org

너비가 뜻을 나른다 — 6~15 와 20~50

Step 2 · 모티프 너비 6~50 아미노산

설정 하나가 질문을 바꾼다 — 하나만 인가 여럿 인가

Step 2 · zero or one / zero or more

창을 굴린다 — 예측 도구가 속으로 하는 일

Step 2 · 손을 움직이는 첫 강

두 갈래를 다 골라야 하는 까닭

Step 2 · MHC class I 과 CD8 · class II 와 CD4

27개로 97% — 대립유전자를 고르는 셈법

Step 2 · IEDB tc1 · 9 아미노산 · HLA class I 27개

같은 절차 다른 길이 — class II 쪽 창구

Step 2 · IEDB tc2 · 15 아미노산 · HLA class II 27개

두 숫자가 같은 곳을 가리킨다 — 점수와 퍼센타일

Step 2 · NetMHCpan EL score · EL percentile rank

문턱을 도구가 정해 준다 — 선형 B세포 예측

Step 2 · IEDB B cell · BepiPred · Karplus–Schulz

구조가 있어야 보이는 것 — 입체 에피토프

Step 2 · ElliPro · PDB 6VXX · 사슬 A·B·C

선형이 대접받는 것은 옳아서가 아니다

Step 2 · 선형 대 입체 · 예측 가능성의 편향

네 자리 숫자를 처음 만난다 — 29,620 · 5,671 · 1,266 · 10

Step 2 결과 · 예측된 에피토프 전체

긴 목록은 근거가 아니다

Step 2 · 함정 · 예측과 관찰의 거리

안쪽에 파묻힌 자리는 아무리 좋아도 소용없다

Step 2 · 표면 노출과 세포외 영역

사람이 손으로 확인해 둔 것이 있다면 그것부터 쓴다

Step 2 · UniProt Feature Viewer · GFF 내려받기

주석을 처음부터 끝까지 달아 본다

Step 2 종합 · 표 넷을 직접 만든다

주석을 마친 자리에서 말할 수 있는 것

Step 2 정리 · 그리고 말할 수 없는 것