19. 주석을 처음부터 끝까지 달아 본다 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 II

배운 것을 한 줄로 이어 봅니다. 목표는 표 넷을 만드는 것이에요 — III 권이 그대로 받아 쓸 수 있는 모양으로.

차례	도구	내놓는 것
1	Pfam	도메인 이름·기능·위치
2	MEME	모티프(5~10개, 너비 6~50)
3	IEDB `tc1`	9글자 · class I 27개 → 점수·퍼센타일
4	IEDB `tc2`	15글자 · class II 27개 → 점수·퍼센타일
5	IEDB B cell	선형 — 문턱 위 연속 구간
6	ElliPro (6VXX, A·B·C)	입체 — 덩어리와 점수
7	UniProt GFF	지형 — 있으면 반드시

일곱 걸음을 순서대로 눌러 보세요. 표가 한 칸씩 채워집니다.

불러오는 중…

표 하나로 모았습니다. 이제 III 권이 이 표 위에서 자르기만 하면 됩니다.

Python 브라우저에서 실행

# 주석 표를 만들고, III 권이 쓸 모양으로 정리한다
import pandas as pd

# (아래 값은 절차를 보여 주기 위한 예시입니다 — 논문의 값이 아닙니다)
rows = [
    # 갈래, 시작, 끝, 점수, 퍼센타일, 표면노출, 실험기록
    ("classI",  330, 338, 0.94, 0.21, 0.62, 12),
    ("classI",  610, 618, 0.89, 0.55, 0.08,  0),
    ("classI",  270, 278, 0.81, 1.40, 0.71,  3),
    ("classII", 400, 414, 0.77, 0.90, 0.55,  7),
    ("classII", 900, 914, 0.72, 1.80, 0.44,  1),
    ("linearB", 440, 452, 0.68, None, 0.83, 21),
    ("confB",   480, 495, 0.75, None, 0.91,  5),
]

df = pd.DataFrame(rows, columns=["갈래", "시작", "끝", "점수",
                                 "퍼센타일", "표면노출", "실험기록"])
df["길이"] = df["끝"] - df["시작"] + 1

print(df.to_string(index=False))
print()
print("갈래별 개수")
print(df["갈래"].value_counts().to_string())

거르개를 겹칠수록 급격히 줄어듭니다. III 권의 깔때기가 이 모양입니다.

Python 브라우저에서 실행

# III 권이 할 일을 미리 한 번 해 보자 — 자르지 말고 '세어만' 본다
import pandas as pd

rows = [
    ("classI",  330, 338, 0.94, 0.21, 0.62, 12),
    ("classI",  610, 618, 0.89, 0.55, 0.08,  0),
    ("classI",  270, 278, 0.81, 1.40, 0.71,  3),
    ("classII", 400, 414, 0.77, 0.90, 0.55,  7),
    ("classII", 900, 914, 0.72, 1.80, 0.44,  1),
]
df = pd.DataFrame(rows, columns=["갈래", "시작", "끝", "점수",
                                 "퍼센타일", "표면노출", "실험기록"])

print("전체:", len(df), "개")
print("퍼센타일 <= 1.6 :", int((df["퍼센타일"] <= 1.6).sum()), "개")
print("표면노출 >= 0.3 :", int((df["표면노출"] >= 0.3).sum()), "개")
print("실험기록 >= 1   :", int((df["실험기록"] >= 1).sum()), "개")

keep = df[(df["퍼센타일"] <= 1.6) & (df["표면노출"] >= 0.3) & (df["실험기록"] >= 1)]
print()
print("셋을 모두 통과:", len(keep), "개")
print(keep[["갈래", "시작", "끝", "퍼센타일"]].to_string(index=False))

🤔 확인 문제

Step 2 의 산출물을 한마디로 하면?

🤔 확인 문제

주석 표에 지형과 실험 기록 칸을 반드시 넣어야 하는 까닭은?