17. 안쪽에 파묻힌 자리는 아무리 좋아도 소용없다 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps II

논문이 여러 번 되풀이하는 말이 있습니다. 에피토프는 흔히 표면에 드러나거나 세포 밖으로 나온 영역에서 발견된다고 — 그곳이 면역 감시가 닿는 곳이기 때문입니다.

뒤집어 말하면 이렇습니다. 예측 점수가 아무리 높아도 그 자리가 단백질 안쪽에 파묻혀 있으면, 항체는 거기에 닿을 수 없습니다.

두 갈래에서 무게가 다르다

T세포 에피토프

단백질이 잘게 잘린 뒤 제시됩니다.
그래서 원래 안쪽이었어도 쓰일 수 있어요.

B세포 에피토프

항체가 접힌 단백질에 직접 붙습니다.
표면에 없으면 소용이 없습니다.

그래서 논문이 입체 B세포 에피토프를 표면 접근성으로 검증했습니다 — 가장 점수가 높은 넷을 골라 구조 위에 얹어 보았어요.

지형 정보를 켰다 껐다 해 보세요. 살아남는 후보가 달라집니다.

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점수 1·2·3등이 전부 안쪽에 파묻혀 있었습니다. 지형을 보지 않으면 이걸 모릅니다.

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# 점수만으로 고를 때와 지형까지 볼 때
# (아래 값은 설명을 위한 예시입니다)

cands = [
    # 이름,   점수, 표면 노출도(0~1)
    ("후보 A", 0.95, 0.05),
    ("후보 B", 0.88, 0.71),
    ("후보 C", 0.91, 0.12),
    ("후보 D", 0.83, 0.66),
    ("후보 E", 0.79, 0.88),
]

print("점수만 보고 상위 3개")
for n, s, e in sorted(cands, key=lambda x: -x[1])[:3]:
    print("   ", n, " 점수", s, " 노출", e)

print()
print("표면 노출 0.3 이상만 남기고 상위 3개")
kept = [c for c in cands if c[2] >= 0.3]
for n, s, e in sorted(kept, key=lambda x: -x[1])[:3]:
    print("   ", n, " 점수", s, " 노출", e)

print()
print("상위 3개가 통째로 바뀌었습니다.")

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