3. Pfam — 이미 알려진 것과 맞춰 본다 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps II

절차는 짧습니다. Pfam 사이트에 가서 서열을 붙여 넣고 Search 를 누릅니다. Pfam 은 이미 알려진 도메인 데이터베이스를 뒤져서 맞는 것을 돌려줍니다.

돌려주는 것은 셋입니다 — 이름 · 기능 · 위치.

사전 찾기와 같다

모르는 낱말이 나왔을 때 사전을 찾습니다. 사전에 있으면 뜻이 나오고, 없으면 안 나와요. 사전이 틀린 게 아니라 안 실린 것입니다.

Pfam 도 같습니다. 히트가 없다고 해서 "도메인이 없다" 가 아니라 "알려진 도메인과 안 맞는다" 입니다. 이 둘은 전혀 다른 말이에요.

히트가 있을 때와 없을 때, 각각 무엇을 말할 수 있는지 골라 보세요.

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결과를 읽는 법

칸	무엇	어떻게 쓰나
이름	도메인 이름	문헌을 찾아 들어가는 열쇠
기능	이 도메인이 하는 일	왜 이 자리가 중요한지의 근거
위치	서열에서 몇 번부터 몇 번까지	가장 많이 쓴다 — 뒤의 모든 겹침 계산이 이 숫자로 돌아갑니다

셋 중에 위치가 제일 중요합니다. 이름과 기능은 읽고 넘어가지만, 위치는 III 권까지 계속 따라다녀요.

덮이지 않은 구간이 넓다면, 그곳은 Pfam 사전에 없는 땅입니다.

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# 위치 정보가 있으면 '덮인 비율' 을 잴 수 있다
# (자리는 설명용 예시입니다 — 논문 값이 아닙니다)

L = 1273
domains = [(13, 305), (319, 541), (662, 1273)]   # 예시

covered = set()
for a, b in domains:
    covered.update(range(a, b + 1))

print("단백질 길이:", L)
print("도메인 개수:", len(domains))
print("도메인이 덮은 잔기:", len(covered))
print("덮인 비율:", round(len(covered) / L * 100, 1), "%")
print("어느 도메인에도 안 드는 잔기:", L - len(covered))

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Pfam 검색에서 히트가 하나도 없었습니다. 말할 수 있는 것은?

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