4. MEME — 사전에 없는 무늬를 찾아낸다 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 II

MEME Suite 사이트에서 MEME 도구를 고르고, 서열을 붙여 넣고, 값을 정하고 제출합니다. 논문이 쓴 값은 이렇습니다.

값	논문이 쓴 것	뜻
모티프 개수	5~10개	몇 개까지 찾아볼까
너비	6~50 아미노산	얼마나 짧은/긴 무늬까지 볼까
모드	단백질	염기가 아니라 아미노산으로 읽는다

결과로 통계적으로 유의한 모티프가 합의 서열과 함께 나옵니다.

둘을 같이 쓰는 까닭

Pfam — 맞추기

믿을 만하다 · 문헌이 딸려 온다
사전에 없으면 못 본다

MEME — 찾아내기

새로운 것도 잡는다
우연도 같이 잡는다

한쪽만 쓰면 반쪽입니다. 그래서 논문이 둘 다 돌립니다.

모티프 개수와 너비를 바꿔 보세요. 찾히는 것이 어떻게 달라지는지.

불러오는 중…

"통계적으로 유의하다" 가 무슨 뜻인가

MEME 이 무늬를 내놓을 때 붙이는 말입니다. 뜻은 이래요 — "글자가 아무렇게나 늘어서 있었다면 이런 무늬가 이만큼 되풀이될 일은 드물다."

그런데 여기에 함정이 있습니다. 드문 일도 많이 찾아보면 나옵니다. 조각을 수만 개 훑으면 그중 몇 개는 우연히 그럴듯해 보여요.

되풀이가 보인다고 해서 뜻이 있는 것은 아닙니다. 이것이 MEME 결과를 읽는 첫 태도입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 아무 뜻 없는 문자열에서도 '되풀이' 는 나온다
import random

random.seed(7)
AA = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
seq = "".join(random.choice(AA) for _ in range(1273))

# 길이 3 짜리 조각이 몇 번씩 나오는지 세어 본다
from collections import Counter
c = Counter(seq[i:i+3] for i in range(len(seq) - 2))

top = c.most_common(5)
print("무작위 서열에서 가장 자주 나온 3글자 조각")
for frag, n in top:
    print("   ", frag, n, "번")

print()
print("서로 다른 3글자 조각 종류:", len(c))
print("이 서열은 의미가 전혀 없는데도 되풀이가 보입니다.")

🤔 확인 문제

Pfam 과 MEME 의 가장 큰 차이는?

🤔 확인 문제

무작위 서열에서도 짧은 조각의 되풀이가 보이는 까닭은?