16. 긴 목록은 근거가 아니다 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 II

29,620 이라는 숫자를 보면 뭔가 대단한 일이 일어난 것 같습니다. 그런데 이 숫자가 무엇을 뜻하는지 정확히 말해 봅시다.

"어떤 프로그램이 29,620개 조각에 대해 '붙을 것 같다' 고 말했다"

그게 전부입니다. 아무도 실험하지 않았고, 아무 세포도 이 조각들을 본 적이 없습니다.

세 층을 갈라 놓자

🔮

예측됨

프로그램이 점수를 줬다.
29,620

📚

실험 기록 있음

누군가 실제로 재 본 적이 있다.
IEDB assay 기록

💉

이 백신에서 확인됨

이 구조체로 실제 반응을 봤다.
이 논문에는 없다

셋째 칸이 비어 있다는 것을 기억해 두세요. 여섯 권 내내 비어 있습니다.

세 층을 눌러 가며 각 층에서 말할 수 있는 문장을 확인하세요.

불러오는 중…

그래서 III 권이 무엇을 하는가

III 권의 거르개 중에 점수와 무관한 것이 하나 있습니다. IEDB 에 실험 기록이 몇 건 있는가를 세는 것이에요.

논문은 이렇게 적습니다 — 많은 실험 assay 로 뒷받침되는 에피토프가 더 믿을 만하다고 보고 우선한다고. 그리고 assay 하나하나가 실제 논문 한 편으로 이어지는 참조번호를 갖고 있습니다.

이것이 예측 점수보다 질이 다른 증거입니다.

점수 1등과 기록 1등이 다릅니다. 어느 쪽을 믿을지는 무엇을 하려는지에 달렸습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 점수로 고르는 것과 기록으로 고르는 것은 다른 순위를 만든다
# (아래 표는 설명을 위한 예시입니다 — 논문의 값이 아닙니다)

cands = [
    # 이름,   예측점수, IEDB 실험기록 건수
    ("후보 A", 0.94, 0),
    ("후보 B", 0.88, 12),
    ("후보 C", 0.91, 1),
    ("후보 D", 0.72, 31),
    ("후보 E", 0.86, 4),
]

print("예측 점수로 줄 세우면")
for n, s, a in sorted(cands, key=lambda x: -x[1]):
    print("   ", n, " 점수", s, " 기록", a, "건")

print()
print("실험 기록으로 줄 세우면")
for n, s, a in sorted(cands, key=lambda x: -x[2]):
    print("   ", n, " 기록", a, "건  점수", s)

print()
print("1등이 바뀝니다. 두 기준은 다른 것을 재고 있습니다.")

🤔 확인 문제

"29,620개의 에피토프를 찾았다" 를 정확히 고쳐 쓴 것은?

🤔 확인 문제

IEDB 실험 기록 건수가 예측 점수와 질적으로 다른 증거인 까닭은?