12. 문턱을 도구가 정해 준다 — 선형 B세포 예측 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 II

IEDB 의 B세포 도구를 열고 서열을 넣습니다. 예측 방법을 고르는데, 논문이 든 것은 둘입니다.

📈

BepiPred

잔기마다 항체가 알아볼 만한지 점수를 매깁니다.

🤸

Karplus–Schulz

잔기의 유연성을 잽니다. 잘 휘는 자리가 항원성이 높다고 보는 것.

7강에서 만든 창 굴리기가 바로 이 모양입니다. 서열 → 숫자 줄.

"자동" 이 편하기만 한 것은 아니다

좋은 점

사람이 자의적으로 정하지 않습니다. 재현하기 쉬워요.

대가

문턱이 자료에 따라 움직입니다. 서열이 바뀌면 기준도 바뀌어요. 그래서 서로 다른 단백질의 결과를 나란히 놓기가 어렵습니다.

11강의 교훈이 여기서도 반복됩니다 — 기준이 다르면 원점수를 못 견준다.

곡선 위의 문턱을 올렸다 내렸다 해 보세요. 남는 구간이 몇 개인지.

불러오는 중…

연속 구간을 뽑는 일은 이 정도 코드입니다. 도구가 해 주는 것도 이 일입니다.

Python 브라우저에서 실행

# '문턱 위의 연속 구간' 을 직접 뽑아 보자
import numpy as np

rng = np.random.default_rng(2)
n = 200
score = np.convolve(rng.normal(0, 1, n), np.ones(9) / 9, mode="same")  # 매끄럽게

thr = float(score.mean() + 0.5 * score.std())    # '자동' 문턱 흉내

above = score > thr
runs, start = [], None
for i, v in enumerate(above):
    if v and start is None:
        start = i
    elif not v and start is not None:
        runs.append((start, i - 1)); start = None
if start is not None:
    runs.append((start, len(above) - 1))

runs = [r for r in runs if r[1] - r[0] + 1 >= 6]     # 너무 짧은 것은 버린다

print("문턱:", round(thr, 3))
print("문턱을 넘은 잔기:", int(above.sum()), "/", n)
print("길이 6 이상인 연속 구간:", len(runs), "개")
for a, b in runs[:6]:
    print("   ", a, "-", b, " 길이", b - a + 1, " 최고점", round(float(score[a:b+1].max()), 3))

🤔 확인 문제

선형 B세포 예측에서 문턱은 누가 정하나?

🤔 확인 문제

문턱이 자동이라 생기는 대가는?