이름 뒤에 있는
분자를 연다
/bio 와 /gene 은 DDX54 를 이름으로 씁니다. CD38 을 면역억제라고만 말하고요.
이 20강은 그 이름 뒤를 엽니다 — DEAD 는 아미노산 넉 자이고, p- 는 전하 −2 를 띤 인산기이며, CD38 은 NAD⁺ 를 쪼개는 효소입니다.
이렇게 배웁니다
🔍논문의 한 줄에서 시작
모든 강이 본문이나 부록의 한 줄을 펼친 것입니다. 어느 대목인지 강마다 부제에 적어 두었습니다.
🎛️손잡이를 직접 움직여 보기
pH 를 올려 보고, 소금을 부어 보고, 인산기를 떼어 봅니다. 무엇이 무너지는지 그 자리에서 보입니다.
⚖️논문 값과 교과서 값을 가른다
20 mM HEPES 는 논문 값이고 pKa 7.55 는 교과서 값입니다. 화면에서 언제나 갈라 표시합니다.
🗺️마지막에 분자 지도를 그린다
19강에서 논문 Fig. 6H 의 화살표에 분자를 하나씩 채워 넣습니다. 앞의 열여덟 강이 거기서 만납니다.
전체 커리큘럼
01
논문 속의 분자들 — 이름 뒤를 연다
DEAD-box · NAD⁺ · 인산기 · IgG 가 무엇인지부터
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02
원자와 결합 — 세기가 다른 세 가지
공유결합 · 이온결합 · 수소결합
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03
물 — 모든 반응이 일어나는 자리
극성 · 수소결합 · 소수성 효과
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04
pH 와 pKa — 로그 눈금 하나 더
파이썬 14강의 log2 와 같은 이야기
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05
완충액 — 왜 20 mM HEPES pH 7.2 인가
SI 「Western blot analysis」의 용해 완충액
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06
생체분자 넷 — 당·지질·단백질·핵산
무엇이 물에 녹고 무엇이 막을 만드나
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07
뉴클레오타이드 — 아데닌 하나가 네 곳에 있다
염기 · 당 · 인산 세 조각
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08
DNA 와 RNA — 산소 하나가 갈랐다
2′-OH 와 DV200 > 30%
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09
염기쌍과 녹는점 — GC 가 더 붙잡는다
수소결합 2개 대 3개, 그리고 Tm
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10
아미노산 스무 가지 — 곁사슬이 성격이다
그리고 DEAD 는 Asp-Glu-Ala-Asp 다
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11
단백질이 접히는 힘 — 물이 민다
1·2·3·4차 구조, 그리고 SDS 가 무너뜨리는 것
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12
효소 — 반응의 언덕을 낮춘다
활성부위 · 기질특이성 · Km 과 kcat
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13
ATP — 에너지가 아니라 인산기 운반체
DEAD-box 헬리케이스가 실제로 하는 일
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14
인산화 — 곁사슬에 −2 전하를 붙인다
SI Table S4 의 p-JAK1 · p-STAT3 · p-p65 항체
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15
NAD⁺ 와 CD38 — 이 논문의 핵심 반응
본문 Discussion 「Cd38 breaks down extracellular NAD⁺」
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16
아데노신 — 또 하나의 억제 경로
본문 Fig. 7 「genes linked to adenosine production」
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17
항체 — 분자가 분자를 알아보는 법
SI 「200 µg anti-mouse PD1 · 100 µg isotype control」
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18
돌연변이는 화학이다 — 시토신 탈아미노화
TMB 가 왜 그렇게 생겼는지
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19
【실습】 논문의 분자 지도를 그린다
본문 Fig. 6H 를 분자 수준으로 다시
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20
정리 — 화학이 답하는 것과 못 하는 것
그리고 여기서 어디로
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