변이를 세어 나눈 숫자 하나가
치료를 가른다
TMB 10 mut/Mb. 이 문턱을 넘으면 면역항암제를 쓸 수 있고, 못 넘으면 못 씁니다. 그런데 분자에 무엇을 넣을지, 분모를 얼마로 할지는 어디에도 적혀 있지 않습니다.
이 20강에서는 TCGA 폐선암 566명의 변이 13만 줄을 직접 세어 그 숫자를 만들고, 면역치료를 받은 1,661명의 생존자료로 시험합니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
🧮숫자를 손으로 만든다
TMB 는 보고서에 이미 적혀 나옵니다. 여기서는 그 값을 변이 한 줄부터 다시 만듭니다 — 무엇을 세고, 무엇으로 나누고, 무엇을 버릴지 직접 정해 가면서요.
▶️진짜 데이터로
대리 자료가 아닙니다. cBioPortal 의 TCGA 폐선암 566 표본 변이 전부와 MSK-IMPACT 면역치료 1,661명, 그리고 패널 유전자 실물 목록을 그대로 씁니다.
⚖️같은 환자, 다른 TMB
분모를 30 Mb 로 하나 38 Mb 로 하나, 침묵변이를 세나 마나, 전엑솜으로 재나 468 유전자 패널로 재나 — 같은 환자의 숫자가 문턱을 넘나듭니다.
🏜️왜 안 듣는가까지
TMB 가 높아도 듣지 않는 환자가 있습니다. 면역세포가 종양 안에 아예 없는 면역사막 — PNAS 2025 가 붙잡은 그 환자군을 자료에서 직접 찾아냅니다.
전체 커리큘럼
01
숫자 하나가 치료를 가른다 — TMB 10
FDA 2020 조직 불문 승인 · TCGA 폐선암 566명
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02
변이 한 줄 — 무엇이 적혀 있나
MAF 표 · TCGA 폐선암 39 표본 12,154줄
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03
분모는 어디에도 적혀 있지 않다
변이개수 ÷ TMB 로 30 Mb 를 되찾기 · 561 표본
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04
무엇을 셀 것인가 — 변이의 종류
미스센스 133,412 · 넌센스 11,071 · 스플라이스 4,479
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05
침묵변이를 빼면 — 2.6%와 두 사람
이름은 nonsynonymous 인데 실제로는 무엇을 세고 있나
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06
이게 진짜 변이인가 — 빈도와 깊이
VAF 중앙값 0.23 · 읽기 깊이 중앙값 84번 · 39 표본 12,154줄
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07
손으로 만든 TMB, 받아 온 TMB
39 표본을 다시 세어 cBioPortal 값과 맞춰 보기
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08
평균이 거짓말하는 자리 — 오른쪽 꼬리
중앙값 6.68 · 평균 10.02 · 최대 69.5
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09
선을 어디에 그을 것인가 — 문턱 10
폐선암 566명 · 문턱 5 에서 57.8%, 10 에서 34.6%, 20 에서 12.7%
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10
2만 개 중 468개만 본다 — 유전자 패널
FoundationOne 317 · MSK-IMPACT 341 / 410 / 468 / 505
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11
패널의 분모도 되찾는다 — 1.16 Mb
MSK-IMPACT 1,617 표본에서 변이개수 ÷ TMB
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12
같은 환자, 다른 숫자 — 73명이 뒤바뀐다
전엑솜 대 패널468 · 인원은 같은데 사람이 다르다
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13
같은 문턱, 다른 뜻 — 33개 암종 사다리
흑색종 중앙 14.9, 갈색세포종 0.30 · TCGA 10,443 표본
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14
TMB 뒤에 숨은 다른 얼굴 — 현미부수체 불안정
MSI-High 296 표본의 TMB 중앙값 30.4 대 나머지 1.87
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15
어느 병원에서 온 조각인가 — 기관 효과
12.8 대 2.8 로 보였던 차이의 절반은 분모였다
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16
실제로 약을 받은 1,661명
MSK-IMPACT · Samstein 2019 · 11개 암종
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17
계단을 손으로 그린다 — 카플란-마이어
상위 20% 는 중앙 44개월, 나머지는 15개월
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18
자르는 자리를 바꿔 가며 — 로그순위 검정
절대 10 · 전체 상위 20% · 암종 안 상위 20% 세 가지 비교
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19
높은데 왜 안 듣나 — 면역사막
PNAS 2025 · 폐선암 472명의 TMB 와 림프구 침윤률
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20
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
스무 강에서 우리 손으로 확인한 것들
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