Lesson 13 of 20
같은 문턱, 다른 뜻 — 33개 암종 사다리
흑색종 중앙 14.9, 갈색세포종 0.30 · TCGA 10,443 표본
33개 암종 10,443 표본의 TMB 를 한 표에 실어 두었습니다. 늘어놓아 봅니다.
위쪽 열 개입니다. 흑색종·폐편평상피암·폐선암이 앞자리를 차지합니다.
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갑상선암·갈색세포종은 100명에 한 명도 문턱을 넘지 못합니다.
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맨 위와 맨 아래가 50배 차이입니다. 이 차이는 생물학입니다 — 흑색종은 자외선, 폐암은 담배 연기가 유전체를 계속 두드립니다. 갑상선암이나 소아암은 그런 외부 손상이 거의 없습니다.
절대 문턱이 고른 1,333명과 상대 문턱이 고른 2,100명 가운데 겹치는 사람은 867명뿐입니다.
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절대 문턱 (10 mut/Mb)
쓰기 쉽다 · 검사만 하면 판정된다 · 변이 적은 암은 사실상 배제된다
상대 문턱 (제 암종 상위 20%)
암종마다 대상자가 생긴다 · 그 암의 분포를 알아야 한다 · 값이 아니라 순위로 판정한다
Samstein 2019 는 상대 문턱을 썼습니다. 암종마다 상위 20% 를 잘랐지요. FDA 승인은 절대 문턱을 씁니다. 두 세계가 지금도 함께 굴러갑니다.
🤔 Check yourself
흑색종에서는 64.8%, 갑상선암에서는 0.4% 가 TMB 10 을 넘는다. 이것이 조직 불문 승인에 던지는 물음은?
Answer '상위 몇 %' 인가가 암종마다 다르면, 문턱이 고르는 사람의 성격도 달라집니다.
🤔 Check yourself
암종 안 상위 20% 로 자르는 방식의 약점은?
Answer 상대 문턱은 참조 분포가 필요합니다. 그 분포가 어느 코호트에서 온 것이냐에 따라 판정이 또 달라집니다.