손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 IV

같은 단백질을
다르게 적을 수 있다

III 권이 지은 309 아미노산 짜리 구조체를 받아, 사람 세포가 잘 읽는 철자로 다시 적습니다. 코돈은 예순한 가지인데 아미노산은 스무 가지뿐이라 고를 자유가 있고, 그 자유를 어떻게 쓰느냐가 번역 효율과 구조 안정성을 한꺼번에 정합니다.
이 권의 등뼈는 한 줄입니다 — MFE 는 길이를 따라 커진다. −1231.20(3819 nt)과 −299.50(927 nt)은 그대로 견줄 수 없고, 길이로 나누면 −0.3224 와 −0.3231 로 거의 같습니다. 그 한 번의 나눗셈이 이 강의의 값어치입니다.
파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.

🐍 Python🎼 코돈 최적화📏 길이 정규화 🧊 이차 구조⚖️ λ = 3🔬 ViennaRNA🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

📏길이로 나눠 본다

−1231.20 과 −299.50 은 그대로 견줄 수 없습니다. 나누면 −0.3224 와 −0.3231 — 거의 같습니다.

⚖️두 목표의 당김을 본다

번역 효율과 구조 안정성은 서로 당깁니다. 그 당김이 λ 라는 손잡이 하나에 들어 있습니다.

🖐️직접 세어 본다

CAI 는 작은 표 하나만 있으면 손으로 셀 수 있습니다. 4강에서 세 걸음으로 끝냅니다.

🚧예측과 결과를 가른다

좋은 CAI 는 잰 발현량이 아닙니다. 20강이 말할 수 있는 것과 없는 것을 표로 가릅니다.

전체 커리큘럼

같은 곡을 다른 악보로 적는다 — 그런데 악보가 연주를 바꾼다

Step 4 · 왜 이 걸음이 있나

코돈 편향 — 생물마다 즐겨 쓰는 철자가 있다

Step 4 · 숙주를 사람으로 고르는 까닭

CAI — 1.0 이 뜻하는 것과, 아무도 거기 가지 않는 까닭

Step 4 · 코돈 적응 지수

손으로 세어 보는 CAI — 링커 네 개를 점수로 바꾼다

Step 4 · 실습 · III 권의 EAAAK · GPGPG · AAY · KK

머리핀과 고리 — mRNA 가 스스로 접혀 길을 막는다

Step 4 · RNA 이차 구조

MFE — 낮을수록 안정하다는 말의 뜻

Step 4 · 최소 자유 에너지 · kcal/mol

MFE 는 길이를 따라 커진다 — 그래서 그대로 견줄 수 없다

Step 4 · −1231.20 (3819 nt) 대 −299.50 (927 nt)

LinearDesign — 두 목표를 한 알고리즘이 함께 푼다

Step 4 · github.com/LinearDesignSoftware/LinearDesign · 명령줄판

λ 라는 손잡이 — 구조와 코돈 사이 어디에 설 것인가

Step 4 · λ = 0 · 1~2 · 3 · 3 초과 · 논문은 3

논문이 받은 답 — CAI 0.81 과 0.83

Step 4 · 전체 CDS 와 MEVC

GC 함량 — 너무 높으면 완고하고 너무 낮으면 무르다

Step 4 · 50.35% · 53.61% · 권장 구간 30~70%

대안 도구 NovoPro — 그리고 피해야 할 두 자리

Step 4 · ExpOptimizer · Human · BamHI · XhoI

빠진 값 — NovoPro 는 MFE 를 주지 않는다

Step 4 · 도구 하나로 끝나지 않는다

RNAfold · RNAeval · RNAplfold — 세 물음에 세 도구

Step 4 · ViennaRNA

열려 있어야 하는 자리 — 논문이 CRITICAL STEP 이라 적은 곳

Step 4 · 접근성 · 리보솜 결합 자리와 에피토프 둘레

그림 읽기 — 색은 확률이고, 곡선은 셋이다

Step 4 · 염기쌍 확률 0~1 · 마운틴 플롯

두 함정 — 길이를 무시한 견줌과, 예측을 결과로 읽기

Step 4 · 가장 흔한 두 실수

단백질 쪽에서 한 번 더 — PSIPRED 와 도킹·분자동역학

Step 4 · 선택 단계 · ExPASy Translate → PSIPRED · ClusPro · PyMOL · GROMACS

종합 — 내 표를 직접 만든다, 길이로 나눈 칸까지

Step 4 · 실습 종합 · 논문의 표를 다시 그린다

Step 4 뒤에 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

Step 4 · 정리 · 모든 수치는 인실리코 예측이다