15. 열려 있어야 하는 자리 — 논문이 CRITICAL STEP 이라 적은 곳

논문은 Step 4 안에서 딱 한 곳에 CRITICAL STEP 이라는 표시를 붙였습니다. 접근성 확인입니다.

리보솜 결합 자리와 에피토프 둘레는 열려 있어야 한다

'열려 있다' 는 말은 짝지어 있지 않다는 뜻입니다. 14강에서 본 자리별 확률이 낮다는 뜻입니다.

열려 있어야 하는 두 종류의 자리

자리	왜 열려야 하나	막히면
리보솜 결합 자리 · 5′ 앞머리 · 시작코돈 둘레	리보솜이 붙어 훑어 내려가야 한다	번역이 시작조차 안 된다
에피토프 구간	논문이 열려 있어야 한다고 적었다	설계의 알맹이가 가려진다

5강에서 '자리가 중요하다' 고 했던 것이 여기서 규칙이 됩니다.

창을 옮겨 보세요. 같은 서열도 어느 구간을 보느냐에 따라 판정이 달라집니다.

불러오는 중…

전체 평균이 괜찮아도 한 구간이 막힐 수 있습니다. 그래서 구간별로 봅니다.

Python 브라우저에서 실행

# 중요한 구간이 열려 있는지 본다 - 교육용 대역이다.
import numpy as np

rng = np.random.default_rng(15)
n = 927                       # MEVC 의 길이

# 자리별 짝짓기 확률을 교육용으로 만든다 (RNAplfold 출력이 아니다)
base = 0.45 + 0.18 * np.sin(np.linspace(0, 26, n))
noise = rng.normal(0, 0.10, n)
prob = np.clip(base + noise, 0, 1)
prob[40:70] += 0.42           # 시작코돈 둘레에 일부러 단단한 구조를 하나 심는다
prob = np.clip(prob, 0, 1)

REGIONS = [
    ("5' 앞머리",       0,   30),
    ("시작코돈 둘레",  30,   75),
    ("에피토프 1",    180,  225),
    ("에피토프 2",    430,  475),
    ("가운데 아무 곳", 600,  645),
]

OPEN = 0.45                   # 이 아래면 열린 것으로 본다 (교육용 문턱)

print("전체 평균 짝짓기 확률 %.3f" % prob.mean())
print("전체만 보면 무난해 보인다.")
print()
print("구간별로 보면")
print("  구간            자리        평균확률   열린비율   판정")
for name, a, b in REGIONS:
    seg = prob[a:b]
    openfrac = float((seg < OPEN).mean())
    ok = openfrac >= 0.5
    print("  %-14s %4d-%4d   %.3f     %5.1f %%   %s"
          % (name, a, b, seg.mean(), openfrac * 100, "열림" if ok else "막힘 - 손봐야 함"))
print()
print("전체 평균은 괜찮은데 한 구간만 막혀 있다.")
print("평균은 국소 사고를 가려 준다. 그래서 구간별로 봐야 한다.")
print()
print("위 확률은 교육용 대역이다. 논문의 값도 RNAplfold 의 출력도 아니다.")

막혀 있으면 무엇을 하나

손보는 법	무엇이 바뀌나	치르는 값
그 구간의 코돈을 동의 치환	그 자리의 짝짓기가 풀린다	CAI 가 조금 깎인다
λ 를 낮춘다	도구가 구조를 더 챙긴다	CAI 전체가 내려간다
후보 서열을 여럿 뽑아 고른다	접근성이 좋은 것을 집는다	계산 시간
VI 권에서 5′ UTR 을 손본다	앞머리 구조 자체를 바꾼다	이 권의 범위 밖

첫째 줄이 12강에서 제한효소 자리를 없앤 방법과 같은 기술입니다. 단백질은 지키고 글자만 바꿉니다.

이 강의 결정 — 무엇을 문턱으로 삼을 것인가

'열려 있다' 를 판정하려면 문턱이 있어야 합니다. 그런데 논문은 문턱을 주지 않았습니다. 실습의 0.45 는 교육용으로 정한 값입니다.

할 수 있는 것

후보 서열 여럿을 같은 문턱으로 재서 서로 견주기. 견줌은 문턱이 무엇이든 성립합니다.

할 수 없는 것

"이 서열은 접근성 기준을 통과했다" 고 절대 판정하기. 기준이 어디서 왔는지 말할 수 없습니다.

🤔 확인 문제

논문이 Step 4 에서 CRITICAL STEP 으로 표시한 것은?

🤔 확인 문제

전체 평균 짝짓기 확률이 괜찮은데도 구간별로 봐야 하는 까닭은?

🤔 확인 문제

막힌 구간을 손볼 때 12강과 같은 기술을 쓰는 방법은?