Lesson 18 of 20
단백질 쪽에서 한 번 더 — PSIPRED 와 도킹·분자동역학
Step 4 · 선택 단계 · ExPASy Translate → PSIPRED · ClusPro · PyMOL · GROMACS
Step 4 에는 해도 되고 안 해도 되는 걸음이 붙어 있습니다. 논문이 선택이라고 적어 두었습니다.
지금까지는 mRNA 를 봤습니다. 이번에는 그 mRNA 가 만들 단백질 을 봅니다. 최적화한 DNA 를 다시 아미노산으로 옮겨 놓고 확인하는 일입니다.
| 순서 | 도구 | 하는 일 |
|---|---|---|
| 1 | ExPASy Translate | 최적화한 DNA 를 단백질로 옮긴다 |
| 2 | PSIPRED | 2차 구조 예측 — α나선 · β시트 · 코일과 잔기별 신뢰도 |
| 3 | ClusPro | 면역 수용체와 도킹 |
| 4 | PyMOL | 결과를 그림으로 본다 |
| 5 | GROMACS | 분자동역학 — 시간에 따라 움직여 본다 |
PSIPRED 가 낸 답
논문이 최적화한 MEVC 를 PSIPRED 에 넣고 얻은 결과는 이렇습니다.
코일이 많은 것은 뜻밖이 아닙니다. MEVC 는 에피토프 토막들을 링커로 이어 붙인 조립품입니다. 링커는 일부러 유연하게 만들었습니다 — III 권의 GPGPG 가 '구조 유연성' 을 맡은 링커였습니다.
도구를 더 쓴다고 예측이 결과가 되지는 않습니다. 줄이 길어질 뿐입니다.
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왜 이 걸음이 '선택' 인가
하면 좋은 까닭
번역했을 때 말이 되는 단백질이 나오는지 확인합니다.
리딩프레임과 종결코돈 검산이 덤으로 따라옵니다.
안 해도 되는 까닭
Step 4 의 산출물인 CAI · GC · MFE 는 이 걸음 없이도 나옵니다.
그리고 이 걸음도 전부 예측입니다.
논문의 태도가 옳습니다 — 선택이라고 밝히고, 결과를 서술로만 적었습니다. 비율을 만들지 않았습니다.
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PSIPRED 에 넣기 전에 해야 하는 일은?
Answer PSIPRED 는 단백질 서열을 받습니다. 최적화가 끝난 뒤 손에 있는 것은 DNA 이므로 먼저 옮겨야 합니다. 이때 리딩프레임과 내부 종결코돈 검산이 덤으로 따라옵니다.
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논문이 PSIPRED 결과로 적은 것은?
Answer MEVC 는 에피토프를 유연한 링커로 이어 붙인 조립품이라 코일이 많은 것이 뜻밖이 아닙니다. 다만 논문에 비율 수치는 없습니다.
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ClusPro · PyMOL · GROMACS 를 다 돌린 뒤 말할 수 없는 것은?
Answer 다섯 도구가 모두 계산입니다. 도구를 더 쓴다고 예측이 결과가 되지 않습니다. 이 논문에는 실험이 하나도 없습니다.