13. 빠진 값 — NovoPro 는 MFE 를 주지 않는다 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 IV

12강에서 NovoPro 로 서열을 얻었습니다. CAI 가 나왔고 GC 가 나왔습니다. 두 값 다 좋습니다. 여기서 끝내도 될까요.

아닙니다. MFE 가 없습니다.

NovoPro ExpOptimizer 는 CAI 와 GC 는 주지만 MFE 는 주지 않습니다. 논문이 이 점을 따로 적어 두었습니다 — 구조는 RNAfold 로 따로 봐야 한다고요.

도구마다 주는 것이 다르다

도구	서열	CAI	GC	MFE	제한효소 자리 피하기
LinearDesign	✔	✔	—	✔	—
NovoPro ExpOptimizer	✔	✔	✔	—	✔
RNAfold	—	—	—	✔	—

어느 줄에도 ✔ 가 다 차 있지 않습니다. 한 도구로는 끝나지 않습니다.

도구를 골라 보세요. 그 도구만 썼을 때 무엇이 비는지 표시됩니다.

불러오는 중…

빈칸을 세어 보면 어느 길이 완전한지 바로 보입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 어느 길로 가면 네 값을 다 채우나 - 빈칸을 세어 본다.
import pandas as pd

NEED = ["최적화 서열", "CAI", "GC", "MFE", "제한효소 자리 피하기"]

TOOLS = {
    "LinearDesign":  [1, 1, 0, 1, 0],
    "NovoPro":       [1, 1, 1, 0, 1],
    "RNAfold":       [0, 0, 0, 1, 0],
}

df = pd.DataFrame(TOOLS, index=NEED).T
df.columns = NEED
print("도구마다 채워 주는 칸")
print(df.replace({1: "O", 0: "-"}).to_string())
print()

routes = {
    "NovoPro 만": ["NovoPro"],
    "LinearDesign 만": ["LinearDesign"],
    "NovoPro + RNAfold": ["NovoPro", "RNAfold"],
    "LinearDesign + NovoPro": ["LinearDesign", "NovoPro"],
}

print("길마다 채워지는 칸 수 (전체 %d 칸)" % len(NEED))
for name, tools in routes.items():
    covered = [0] * len(NEED)
    for t in tools:
        for i, v in enumerate(TOOLS[t]):
            if v:
                covered[i] = 1
    miss = [NEED[i] for i, v in enumerate(covered) if not v]
    mark = "완전" if not miss else ("빠짐: " + ", ".join(miss))
    print("  %-24s %d / %d   %s" % (name, sum(covered), len(NEED), mark))
print()
print("논문이 권한 길은 'NovoPro 로 최적화하고 RNAfold 로 구조를 따로 본다' 다.")

MFE 를 안 보면 무슨 일이 생기나

MFE 를 안 본 채 끝내면

CAI 0.83 짜리 훌륭한 서열을 얻습니다. 그런데 시작코돈 둘레에 단단한 머리핀이 앉아 있을 수 있습니다.
철자는 완벽한데 읽을 수가 없습니다.

RNAfold 를 돌리면

MFE 값과 어디가 짝지어 있는지가 함께 나옵니다. 막힌 자리가 보이면 다시 돌립니다 — λ 를 바꾸거나 그 자리 코돈을 손봅니다.

왼쪽 칸이 17강의 두 함정 중 하나입니다 — 좋은 CAI 는 잰 발현량이 아닙니다.

이 강의 결정 — 어디서 멈출 것인가

멈추는 자리	말할 수 있는 것
CAI 만 보고 멈춤	"철자 습관이 사람에 가깝다" 까지
CAI + GC	위에 더해 "치우치지 않았다"
CAI + GC + MFE	위에 더해 "접힘의 깊이가 이 정도다"
+ 접근성	위에 더해 "중요한 자리가 열려 있다" — 15강

Step 4 가 요구하는 자리는 맨 아랫줄입니다. 그 아랫줄을 논문은 CRITICAL STEP 이라고 표시했습니다.

🤔 확인 문제

NovoPro ExpOptimizer 가 주지 않는 값은?

🤔 확인 문제

'빈칸' 이 위험한 진짜 까닭은?

🤔 확인 문제

논문이 권한 길은?