보이지 않는 범인을
부하들의 웅성거림으로 잡는다
암을 실제로 굴리는 것은 DNA가 아니라 단백질입니다. 그런데 단백질 활성은 직접 재기가 어렵습니다. VIPER는 주변 유전자들의 상태를 읽어 그 단백질이 지금 무슨 짓을 하고 있는지 역추적합니다. ARACNe가 그린 인맥 지도 위에서요.
공식을 외우는 대신 그림과 비유로, 읽기만 하는 대신 직접 계산하고 직접 확인하며. 파이썬을 이 페이지 안에서 바로 돌려 볼 수 있습니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
💡비유로 이해하기
레귤론은 부하 직원 명부, 시그니처는 현장의 소란, NES는 범인 지목의 확신도. 수식을 외우기 전에 뜻부터 그림으로 잡습니다.
▶️직접 실행하기
모든 코드에 실행 버튼이 있습니다. 손으로 푼 답을 파이썬으로 계산해서 확인해 보세요.
🎨그림으로 보기
모든 강의에 개념을 그린 삽화가 있습니다.
🛠️만들며 익히기
레귤론을 직접 짜 보고, 순위를 뒤섞어 보고, aREA를 한 항씩 밟고, 마스터 레귤레이터를 손으로 지목해 봅니다.
전체 커리큘럼
01
진짜 범인은 단백질 — 왜 유전자만 봐서는 놓치는가
DNA는 설계도, RNA는 지시서, 일은 단백질이 한다
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02
레귤론 — 부하 직원 명부
단백질 하나가 부리는 유전자들의 목록
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03
ARACNe — 지도를 그리는 탐정
발현 데이터에서 명부를 뽑아내는 짝꿍 알고리즘
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04
MoR — 액셀인가 브레이크인가
조종의 방향을 −1 과 +1 사이의 수 하나로
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05
신뢰도 — 부하마다 무게가 다르다
자르는 대신 목소리 크기를 조절한다
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06
시그니처 — 현장의 소란을 숫자로 적기
무엇과 견주어 올라갔는가, 그것이 전부다
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07
순위로 바꾸기 — 값을 버리고 자리를 얻다
이상치 하나에 결론이 흔들리지 않게
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08
농축 — 부하들이 위쪽에 몰려 있나
줄 세운 목록에서 한 무리가 쏠린 정도를 재는 법
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09
정규분위수 — 순위를 다시 숫자로
1등과 2등의 차이를, 500등과 501등의 차이보다 크게
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10
aREA — 세 갈래 꼬리로 증언을 모으다
방향성 신호와 비방향성 신호를 함께 읽는 법
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11
NES — 점수를 확신도로 바꾸기
레귤론이 클수록 같은 쏠림이 더 놀랍다
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12
귀무분포 — 아무 일도 없었다면 어땠을까
무엇을 섞느냐가 무엇을 묻느냐를 정한다
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13
msVIPER — 두 무리를 견주다
종양 집단 대 정상 집단, 한 판 승부
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14
metaVIPER — 지도 여러 장을 겹쳐 본다
내 조직의 지도가 없을 때, 남의 지도를 빌리는 법
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15
단일세포 — 구멍 난 데이터에서 살아남기
발현은 무너져도 활성은 버틴다
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16
그림자와 시너지 — 진짜 운전수 가려내기
부하를 나눠 쓰는 두 상사 중 누가 진짜인가
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17
마스터 레귤레이터 — 순위표에서 진짜를 고르기
6,000번 검사하면 우연도 300번 유의해진다
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18
종양 체크포인트 — 소수가 전체를 쥐고 있다
수천 개의 이상을 몇 개의 단백질이 병목처럼 모은다
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19
약물 표적 — 활성을 뒤집는 약 찾기
종양이 올려놓은 것을 내리는 약을 데이터에서 고른다
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20
전체 파이프라인 — 처음부터 끝까지 한 번에
발현 행렬 하나에서 약물 후보까지
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