유전자들의 거미줄을
자료에서 통째로 복원한다
아라크네(ARACNe) 는 발현 자료만 보고 어느 유전자가 어느 유전자를 부리는지 그물을 그려 내는 알고리즘입니다. 그 그물을 남이 만든 프로그램으로 받아 쓰지 않고, 상호정보량부터 데이터 처리 부등식까지 스무 줄씩 직접 짜서 만들어 봅니다.
정답을 아는 모의 코호트로 채점까지 합니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다.
이렇게 배웁니다
💡비유로 이해하기
상호정보량은 스무고개에서 줄어든 질문 수, DPI 는 소문의 출처 찾기, regulon 은 사령관이 거느린 부대. 수식보다 뜻이 먼저입니다.
🧩내 손으로 짜기
라이브러리를 부르지 않습니다. 엔트로피 한 줄에서 시작해 20강 끝에 아라크네 한 벌이 손에 남습니다.
🎯채점하며 배우기
정답 네트워크를 아는 모의 코호트를 씁니다. 내가 그린 그물이 몇 점인지 매 단계 확인합니다.
🛠️만지며 익히기
강마다 실험실 위젯이 하나씩 — 칸 수, 문턱값, DPI 관용값을 직접 돌려 결과가 어떻게 흔들리는지 봅니다.
전체 커리큘럼
01
아라크네 첫걸음 — 유전자들의 거미줄을 되찾는다
ARACNe 는 무엇을 하는 프로그램인가
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02
재료는 표 한 장 — 유전자 × 샘플
아라크네가 먹는 것은 이것뿐입니다
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03
상관계수로는 놓친다 — 곧은 자로 휜 것을 재면
왜 아라크네는 상관계수를 쓰지 않는가
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04
엔트로피 — 모름의 양을 숫자로 적는다
스무고개에서 질문을 몇 번 해야 하나
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05
상호정보량 — 알고 나면 얼마나 줄어드나
아라크네가 두 유전자 사이를 재는 자
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06
칸을 몇 개로 나눌까 — 추정의 딜레마
너무 굵으면 못 보고, 너무 잘으면 헛것을 본다
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07
순위로 바꾸기 — 눈금을 버리고 순서만 남긴다
copula transform, 아라크네의 조용한 전처리
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08
모든 쌍을 재면 — MI 행렬
279쌍을 재고, 계산량을 실감한다
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09
섞어서 문턱을 세운다 — 우연이면 얼마나 나오나
귀무분포와 유의수준
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10
그림자를 지운다 — 데이터 처리 부등식
아라크네를 아라크네답게 만드는 한 걸음
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11
관용값 — DPI 가 저지르는 실수
0.0008 차이로 진짜 간선이 지워졌다
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12
여러 번 돌려 합의를 본다 — 부트스트랩
이 간선은 사람이 몇 명 바뀌어도 버티는가
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13
regulon — 사령관이 거느린 부대 명부
간선 목록을 쓸 수 있는 물건으로 접는다
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14
허브와 차수 — 그물을 읽는 법
선이 많은 마디가 제일 중요한 마디일까
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15
VIPER — 부하들을 보고 상사의 활동을 읽는다
아라크네 다음에 오는 것
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16
마스터 조절자 — 누가 진짜 사령관인가
MARINa 와 DIGGIT, 그리고 인과의 문제
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17
사례 — 면역사막 폐암의 사령관을 찾다
ARACNe → VIPER → DIGGIT 이 실제로 쓰인 연구 한 편
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18
함정 — 아라크네가 거짓말하게 만드는 것들
샘플 수 · 배치효과 · 전사인자 목록
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19
정답을 모를 때 — 무엇으로 믿을 것인가
채점표가 없는 세상에서의 검증
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20
판정 — 우리가 짠 아라크네, 몇 점인가
전부 이어 붙이고, 못한 것까지 적는다
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