아무도 이 이름을
미리 짐작하지 못했다
2019년 한 해에 네 팀이 따로따로 같은 유전자에 도착했습니다. WRN. 대장암 세포에서 이 유전자를 끄면 세포가 죽는데, 옆의 정상 세포는 멀쩡합니다. 단 현미부수체 불안정(MSI)이라는 고장을 이미 안고 있는 암에서만요.
그 발견은 누군가의 통찰이 아니라 표 한 장에서 나왔습니다. 세포주 608개 × 유전자 17,097개. 그 표를 이 페이지 안에 그대로 실어 두었습니다. 20강에 걸쳐 직접 줄 세워 보면, 맨 위에 WRN 이 있습니다.
이렇게 배웁니다
📊진짜 표를 만집니다
DepMap 의 세포주 608개 × 유전자 17,097개가 브라우저 안에 있습니다. 그림이 아니라 자료 그 자체입니다.
💀합성치사부터
유전자가 무엇인지부터 시작합니다. 생물 수업을 들은 적 없어도 됩니다. 물음은 하나 — 왜 둘 다 잃어야 죽는가.
🥇무엇으로 줄 세우나
같은 표를 두 번 줄 세웁니다. t 로는 7등, 차이로는 1등. 이 강의의 절반은 그 한 문장에 관한 것입니다.
🛠️만지며 익히기
강마다 실험실 위젯이 하나씩 — 문턱을 옮기고, 조직을 빼고, 순위를 뒤집는 일을 손잡이로 직접 해 봅니다.
전체 커리큘럼
01
유전자 하나를 끄면 세포가 죽는다 — 단, 그 암에서만
Chan EM, et al. Nature 568:551-556 (2019) · DepMap 24Q4 세포주 608개
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02
다리가 둘이라 하나는 잃어도 된다
Farmer H, et al. Nature 434:917-921 (2005) · Bryant HE, et al. Nature 434:913-917 (2005)
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03
복사기가 고장 난 세포 — 현미부수체 불안정
Cell Model Passports 세포주 608개 · MSI 43 · MSS 565
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04
2만 개를 한 통에 넣고 흔든다
DepMap Avana 라이브러리 · 유전자당 안내 RNA 4개
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05
0 과 −1 사이 — 점수 읽는 법
Dempster JM, et al. Genome Biology 22:343 (2021) · Chronos
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06
세포주 × 유전자 — 지도 한 장
Tsherniak A, et al. Cell 170:564-576 (2017) · DepMap Public 24Q4
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07
표를 둘로 가른다 — 43 대 565
DepMap 24Q4 × Cell Model Passports · 겹치는 세포주 608개
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08
차이를 잰다 — 평균차와 웰치 t
Welch BL. Biometrika 34:28-35 (1947)
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09
줄을 세운다 — 그런데 무엇으로
DepMap 24Q4 유전자 17,097개 · 무작위 표본 1,000개
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10
화산 그림 — 크기와 확실함을 한 장에
DepMap 24Q4 유전자 17,097개 전부
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11
1만 7천 번 물으면 855번은 그냥 걸린다
Benjamini Y, Hochberg Y. J R Stat Soc B 57:289-300 (1995)
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12
모두를 죽이는 유전자는 표적이 아니다
DepMap AchillesCommonEssentialControls · 공통필수 1,247개
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13
MSI 는 대장에 몰려 있다 — 교란
Cell Model Passports 조직 주석 · MSI 43개의 출신
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14
대장 안에서만 다시 — 교란을 지우는 법
대장 세포주 37개 · MSI 11 대 MSS 26
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15
라벨이 같아도 병이 다르다 — 혈액 아홉 개
혈액·림프계 세포주 71개 · MSI 9 대 MSS 62
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16
왜 하필 WRN 인가 — 길어진 TA 반복
van Wietmarschen N, et al. Nature 586:292-298 (2020)
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17
손이 둘인 단백질 — 어느 쪽을 묶어야 하나
Chan EM, et al. Nature 568:551-556 (2019) · 헬리케이스-불활성 실험
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18
선을 어디에 긋나 — 문턱과 환자 수
DepMap 24Q4 세포주 608개 · 문턱 −2.0 부터 0 까지
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19
2019년을 처음부터 다시
종합 실습 · 표 한 장에서 이름 하나까지
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20
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
정리 · 이 표에서 나온 결론의 범위
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