12강 / 20강

모두를 죽이는 유전자는 표적이 아니다

DepMap AchillesCommonEssentialControls · 공통필수 1,247개

9강의 t 순위 1등부터 6등까지를 다시 봅시다. 이번에는 한 칸을 더 넣어서요.

고등학생모두를 죽이는 유전자는 표적이 아니다

9강의 t 순위 1등부터 6등까지를 다시 봅시다. 이번에는 한 칸을 더 넣어서요 — MSS 무리의 평균 점수입니다.

유전자 유형	MSI 평균	MSS 평균	표적인가
공통필수	−1.2	−1.0	아니오 — 양쪽 다 죽음
MSI 특이적	−0.8	−0.1	예

첫 줄도 t는 클 수 있습니다 — 차이가 작아도 산포가 작으면요.

열 개 중 다섯 개가 공통필수입니다. 이것들은 처음부터 표적이 될 수 없었습니다.

Python 브라우저에서 실행

import wrn

g = wrn.genes()
top = g.sort_values("t").head(10)[["gene", "msi_mean", "mss_mean", "diff", "t", "ess"]]
top = top.copy()
top["공통필수"] = top["ess"].map({1: "예", 0: "아니오"})
print(top[["gene", "msi_mean", "mss_mean", "diff", "t", "공통필수"]].round(3).to_string(index=False))
print()
print("상위 10개 중 공통필수:", int(top["ess"].sum()), "개")

고등학생왜 공통필수가 t 상위를 차지하나

이유	내용
산포가 작음	모든 세포주에서 비슷하게 죽음 → t의 분모가 작음
작은 차이도 유의	−1.2 대 −1.0의 0.2 차이도 t가 큼
MSI 세포가 조금 더 취약	MSI는 변이가 많아 스트레스가 큼

세 번째 줄이 흥미롭습니다. MSI 세포는 이미 유전체가 불안정해서, 어떤 스트레스든 조금 더 취약해요. 그러니 거의 모든 필수 유전자에서 약간의 차이가 납니다.

2강으로 돌아가 봅시다. 합성치사 표적의 조건은 두 개였습니다.

조건 1

걸리는 무리에서는 확실히 죽을 것
→ MSI 평균이 충분히 낮을 것

조건 2

나머지 무리에서는 무해할 것
→ MSS 평균이 0 근처일 것

t 로 줄 세우기는 조건 2 를 아예 묻지 않습니다. 두 무리의 차이만 보니까요. 그래서 '둘 다 죽는데 한쪽이 조금 더 죽는' 유전자가 위로 올라옵니다.

조건 2 를 직접 걸어 봅시다.

WRN 이 1등입니다. 그리고 2등(TMX2, −0.411)과의 거리가 2등부터 10등까지의 거리보다 멉니다.

Python 브라우저에서 실행

# 두 조건을 순서대로 겁니다.
import wrn

g = wrn.genes()
print("시작                       ", len(g), "개")

s1 = g[g["ess"] == 0]
print("공통필수를 뺀다            ", len(s1), "개")

s2 = s1[s1["mss_mean"] > -0.25]
print("MSS 에서 무해한 것만 남긴다", len(s2), "개")
print()
print("── 남은 것을 MSI 평균으로 줄 세우기 ──")
print(s2.sort_values("msi_mean").head(10)[["gene", "msi_mean", "mss_mean", "diff", "t", "q"]].round(3).to_string(index=False))

고등학생DepMap 공통필수 목록

DepMap은 AchillesCommonEssentialControls라는 목록을 제공합니다. 거의 모든 세포주에서 필수인 유전자들이에요.

목록	수
공통필수	1,247개

이 1,247개를 후보에서 빼는 것이 이 체의 역할입니다. 그러면 순위표가 통째로 바뀌어요.

이 한 줄의 필터가 순위표를 갈아엎습니다.

같은 표, 같은 숫자입니다. 물음만 바꿨습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 필터를 걸기 전과 후, WRN 의 순위.
import wrn

g = wrn.genes()

def rank_of(df, col, gene="WRN"):
    v = df.sort_values(col)["gene"].values
    return int((v == gene).argmax()) + 1 if gene in set(v) else None

print("t 로 줄 세우기                    WRN", rank_of(g, "t"), "등")
print("차이로 줄 세우기                  WRN", rank_of(g, "diff"), "등")
sel = wrn.selective()
print("조건 둘을 걸고 MSI 평균으로       WRN", rank_of(sel, "msi_mean"), "등",
      " (후보", len(sel), "개 중)")

고등학생2강의 조건을 다시

2강으로 돌아가 봅시다. 합성치사 표적의 조건은 두 개였습니다.

조건	검사 방법
MSI에서 필수	MSI 평균 점수가 낮음
MSS에서는 필수가 아님	MSS 평균 점수가 0 근처

두 번째 조건이 치료 창을 만듭니다 — 정상 세포가 살아야 약이 됩니다.

t 값만 보면 이 조건을 확인할 수 없습니다. 그래서 절대 점수를 같이 봐야 해요.

🤔 확인 문제

t 로 줄 세웠을 때 공통필수 유전자들이 위로 올라온 이유는?

🤔 확인 문제

'MSS 평균 > −0.25' 라는 조건을 거는 것은 무엇을 요구하는 것입니까?