14강 / 20강

대장 안에서만 다시 — 교란을 지우는 법

대장 세포주 37개 · MSI 11 대 MSS 26

교란을 없애는 가장 깨끗한 방법은 교란되는 것을 고정하는 것입니다.

대장이 문제라면, 대장 세포주만 남기고 다시 재 봅시다. 그러면 비교하는 양쪽이 모두 대장입니다. 대장이라는 이유로는 더 이상 차이가 날 수 없습니다.

고등학생대장 안에서만 다시

교란을 없애는 가장 확실한 방법입니다. 대장 세포주만 골라 그 안에서 MSI와 MSS를 비교해요.

	수
대장 세포주 전체	37
그중 MSI	11
그중 MSS	26

조직이 같으니 남는 차이는 MSI뿐입니다 — 짝지은 설계와 같은 논리입니다.

차이가 −1.71 로 오히려 더 커졌습니다. 조직을 고정했더니 신호가 흐려진 게 아니라 선명해졌습니다.

Python 브라우저에서 실행

import wrn
from scipy import stats

c = wrn.cells()
li = c[c["tissue"] == "Large Intestine"]

a = li[li["msi"] == "MSI"]["WRN"]
b = li[li["msi"] == "MSS"]["WRN"]

print("대장 세포주만:", len(li), "개  (MSI", len(a), "· MSS", len(b), ")")
print()
print("MSI 평균", round(a.mean(), 3))
print("MSS 평균", round(b.mean(), 3))
print("차이    ", round(a.mean() - b.mean(), 3))
t, p = stats.ttest_ind(a, b, equal_var=False)
print("t =", round(t, 2), "  p =", format(p, ".2e"))

고등학생표본이 확 줄어든 대가

이전	이후
43 대 565	11 대 26
검정력 있음	검정력 크게 낮음
교란 있음	교란 없음

11개로는 작은 차이를 못 잡습니다. 그러니 강한 신호만 살아남아요.

약해진 검정력이 오히려 필터 역할을 합니다 — 여기서도 살아남으면 진짜입니다.

대장 MSI 11개 중 9개(82%)가 의존합니다. 대장 MSS 26개 중에는 0개입니다. 하나도 없습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 의존하는 세포주 수로 세어 보면 더 분명합니다.
import wrn

c = wrn.cells()
li = c[c["tissue"] == "Large Intestine"]

for lab in ["MSI", "MSS"]:
    v = li[li["msi"] == lab]["WRN"]
    n = int((v < -0.5).sum())
    print(lab, " n =", str(len(v)).rjust(2),
          "  의존(< -0.5):", n, "개 =", str(round(100 * n / len(v))) + "%")

같은 자료를 네 가지로 잘라 봤을 때의 요약입니다.

어떻게 잘랐나	MSI n	MSS n	MSI 평균	MSS 평균	t
전체	43	565	−0.91	−0.07	−5.65
혈액 제외	34	503	−1.13	−0.07	−6.35
혈액만	9	62	−0.06	−0.05	−0.24
대장만	11	26	−1.73	−0.02	−6.13

줄을 하나씩 읽어 보세요. 혈액을 빼면 모든 것이 좋아집니다. 혈액만 남기면 신호가 통째로 사라집니다(t = −0.24, p = 0.81).

고등학생여기서 살아남는 것

결과	해석
전체 분석에서도, 대장 안에서도 상위	MSI 때문 — 강한 후보
전체에서는 상위, 대장 안에서는 사라짐	조직 교란이었을 가능성
대장 안에서만 상위	대장 특이적 MSI 효과일 수도

WRN은 첫 줄입니다 — 전체에서도, 대장 안에서도 MSI에서 필수입니다.

네 조직 모두 MSI 평균이 −1.0 아래이고 MSS 평균은 0 근처입니다. 방향은 넷 다 같은데 p 가 통과하는 것은 둘뿐입니다 — 표본이 작아서지 신호가 없어서가 아닙니다.

Python 브라우저에서 실행

# 대장에서만 그런가? 조직 넷을 각각 따로 봅니다.
import wrn
from scipy import stats

c = wrn.cells()
print("조직".ljust(18), "MSI n  평균     MSS n  평균      t      p")
for t in ["Large Intestine", "Endometrium", "Ovary", "Stomach"]:
    d = c[c["tissue"] == t]
    a = d[d["msi"] == "MSI"]["WRN"]
    b = d[d["msi"] == "MSS"]["WRN"]
    tt, p = stats.ttest_ind(a, b, equal_var=False)
    print(t.ljust(18), f"{len(a):4d}{a.mean():8.3f}{len(b):8d}{b.mean():8.3f}{tt:8.2f}  {p:.1e}")

고등학생이 검사를 왜 반드시 해야 하나

안 하면	일어나는 일
조직 특이 유전자를 표적으로 삼음	MSI 환자가 아니라 대장암 환자 전체에서 효과
환자 선별 기준이 틀림	임상시험 설계가 어긋남
다른 조직 MSI에는 안 들음	적응증이 좁아짐

교란을 확인하는 것은 추가 작업이 아니라 필수 검사입니다.

그런데 13강에서 이상한 것을 하나 봤습니다 — 혈액 세포주에서는 MSI와 MSS가 전혀 갈리지 않았어요. 15강에서 그 이야기를 합니다.

🤔 확인 문제

대장 세포주만 남겨 다시 계산했더니 차이가 −0.84 에서 −1.71 로 커졌습니다. 이것이 뜻하는 것은?

🤔 확인 문제

층화 분석(조직을 고정하고 보기)의 대가는 무엇입니까?