붉은 점을 세면
사람에 대해 무엇을 말할 수 있나
암 조직 슬라이드를 50 µm 조각으로 자르고, 조각마다 CNN 이 "여기 림프구가 있나?" 에 답합니다. 그렇게 만들어진 TIL 지도 5,202장이 공개되어 있어요.
이 20강에서는 그 지도의 픽셀을 직접 세어 침윤률을 만들고, 카플란-마이어 · 로그순위 · 다중검정 · 심슨의 역설을 거쳐 그 숫자로 무엇을 말해도 되는지까지 따집니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
💡그림에서 숫자로
침윤률은 하늘에서 떨어지지 않습니다. 분모를 무엇으로 할지, 문턱을 어디에 그을지, 조각을 얼마나 크게 볼지 — 결정을 하나씩 직접 내려 봅니다.
▶️진짜 데이터로
대리 자료가 아닙니다. TCIA TIL-WSI-TCGA(Saltz 2018)의 지도 원본과 UCSC Xena 의 생존 자료를 그대로 씁니다.
🩺속는 법을 먼저
같은 환자의 두 슬라이드가 다르게 나오고, 암종을 섞으면 부호가 뒤집힙니다. 결과를 믿기 전에 어떻게 속는지를 손으로 겪습니다.
🛠️만지며 익히기
강마다 실험실 위젯이 하나씩 — 문턱 슬라이더, 조각 크기, 자를 자리, 순열 섞기를 직접 돌려 봅니다.
전체 커리큘럼
01
지도 한 장 — 붉은 점이 림프구다
H&E 슬라이드가 격자가 되기까지
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02
침윤률 — 무엇을 무엇으로 나눌 것인가
분모 하나로 순위가 바뀐다
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03
문턱 — 확률을 예·아니오로 바꾸는 자리
0.5는 어디서 왔나
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04
조각의 크기 — 50 µm 가 정한 것
묶어서 보면 값이 달라진다
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05
5,202장 — 암종마다 다른 세계
한 장에서 코호트로
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06
평균이 거짓말할 때 — 오른쪽 꼬리
8.1% 인가 4.9% 인가
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07
조직이 넓으면 침윤률도 높을까 — 교란 찾기
없다는 것을 확인하는 것도 결과다
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08
같은 침윤률, 다른 그림 — 흩어짐과 뭉침
숫자 하나가 지우는 것
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09
문 앞인가 안인가 — 가장자리에서의 거리
지도에 아직 남아 있는 정보
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10
"침윤이 있다" 는 몇 %부터인가 — 문턱과 이름
brisk / non-brisk 는 누가 정했나
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11
같은 환자, 두 장 — 이 숫자는 얼마나 흔들리나
모든 결과의 바닥에 놓이는 값
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12
병기·나이·성별과 엮어 보기
유의한데 작다
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13
생존곡선 — 계단을 손으로 그린다
중도절단을 다루는 법
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14
로그순위 검정 — 곡선의 차이를 숫자 하나로
관찰 − 기대, 그리고 z
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15
자를 자리를 찾아 헤매기 — p값을 만드는 법
없던 결과가 생겨난다
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16
열두 번 검정하면 — 다중검정 보정
우연히 기대되는 개수 0.6개
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17
전부 한 솥에 넣으면 — 심슨의 역설
부호가 뒤집힌다
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18
어느 병원에서 온 슬라이드인가 — 배치 효과
환자가 다른가, 슬라이드가 다른가
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19
p값을 손으로 만들기 — 순열검정
공식을 믿지 못하겠다면 섞어 보면 된다
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20
무엇을 말할 수 있고 무엇을 말할 수 없나
지도 한 장에서 여기까지
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