같은 환자, 두 장 — 이 숫자는 얼마나 흔들리나

지금까지 우리는 지도에서 숫자를 뽑는 법을 다뤘습니다. 이제 그 숫자를 환자와 엮으려 합니다. 그 전에 반드시 물어야 할 것이 있어요.

운 좋게도 이 자료에는 그것을 잴 방법이 있습니다. TCGA 에는 같은 환자에게서 슬라이드를 두 장 이상 만든 경우가 있거든요 (…-DX1, …-DX2). 같은 종양, 같은 시각, 같은 병원. 다른 것은 어느 부위를 잘랐는가 뿐입니다.

가장 심한 예를 봅시다. 췌장암 환자 TCGA-XD-AAUI 는 한 슬라이드에서 15.6%, 다른 슬라이드에서 65.1% 였습니다. 같은 사람, 같은 종양입니다.

왜 이렇게 다를까요? 세 가지가 섞여 있습니다.

1. 종양 안이 균일하지 않다 — 이것은 자료의 잘못이 아니라 생물학입니다. 종양은 부위마다 다릅니다(종양 내 이질성).
2. 어디를 잘랐는가 — 병리사가 종양 가운데를 잘랐는지 가장자리를 잘랐는지.
3. 슬라이드 만듦새 — 고정 시간, 염색 진하기, 스캔 상태.

①은 진짜 신호이고 ②③은 잡음입니다. 그런데 우리는 이 셋을 가를 수 없습니다. 가를 수 없으니, 전부 합쳐 1.8%p 라는 흔들림으로 안고 갈 수밖에 없어요.