지도 한 장 — 붉은 점이 림프구다

암 조직을 얇게 저며 유리판에 붙이고 헤마톡실린·에오신(H&E) 으로 물들이면, 세포핵은 보라색으로 세포질은 분홍색으로 보입니다. 병리학자는 이 슬라이드를 현미경으로 보며 진단을 내립니다.

그 그림 속에는 암세포만 있는 것이 아닙니다. 림프구 — 몸이 종양을 공격하러 보낸 면역세포 — 가 함께 보입니다. 작고 진하고 동그란 핵이 촘촘히 모여 있는 자리, 그것이 림프구예요.

이 림프구가 얼마나 들어와 있는지가 오래전부터 중요한 표지였습니다. 많이 들어온 종양이 더 나은 예후를 보인다는 보고가 여러 암종에서 나왔거든요. 그런데 "얼마나" 를 어떻게 셀까요?

지도의 색은 세 가지뿐입니다.

그러니까 이 파일은 사진이 아닙니다. 판정 결과를 칠해 놓은 표예요. 픽셀 하나가 조직 50 µm 짜리 조각 하나에 해당합니다.

색 세 가지를 0 · 1 · 2 로 바꾸면 다루기 쉬워집니다. 이 강의에서 계속 쓸 til 꾸러미의 read_map() 이 하는 일이 그것뿐이에요.

def read_map(path):
    a = np.array(Image.open(path).convert("RGB"))
    R, G, B = a[:, :, 0], a[:, :, 1], a[:, :, 2]
    code = np.zeros(a.shape[:2], np.uint8)
    code[(R == 0)   & (G == 0) & (B == 255)] = 1   # 조직
    code[(R == 255) & (G == 0) & (B == 0)  ] = 2   # 림프구
    return code