무엇을 말할 수 있고 무엇을 말할 수 없나

1강에서 지도 한 장을 열었습니다. 픽셀이 세 가지 색이었고, 붉은 것이 림프구였죠. 그 뒤로 스무 강 동안 우리는 결정을 하나씩 내려 왔습니다.

이 결정들은 대부분 논문 본문에 적히지 않습니다. 방법 섹션 한 줄, 혹은 보충자료에만 있어요. 그런데 결과는 이 결정들이 정합니다.

말할 수 있는 것

• 침윤률의 분포는 암종마다 뚜렷이 다르다. 포도막흑색종 0.0% 부터 위암 12.3% 까지. 알려진 조직학과 잘 맞습니다.
• 같은 암종 안에서는, 침윤이 많은 쪽이 오래 사는 경향이 있다. 층화 로그순위 z = −3.97 (p = 7.3×10⁻⁵).
• 그 경향이 개별 암종에서 다중검정 보정 뒤에도 남는 것은 두 곳뿐이다 — 흑색종(q = 1.4×10⁻⁴)과 자궁경부암(q = 0.024).
• 조직 크기는 이 자료에서 교란이 아니다. ρ = 0.047.

말할 수 없는 것

• "이 환자의 TIL 은 5%다" — 같은 환자의 다른 슬라이드를 떴다면 22.8% 의 확률로 판정이 뒤집힙니다.
• "TIL 이 많으면 예후가 좋다" (암종을 밝히지 않고) — 섞어서 재면 부호가 뒤집힙니다 (z = +3.75).
• "기관 A 의 환자는 침윤이 높다" — 염색·스캔 차이와 환자 구성 차이를 가를 수 없습니다 (p = 4.6×10⁻⁷).
• "침윤이 생존을 늘린다" — 이 자료에 무작위 배정이 없습니다. 관찰된 것은 연관이지 인과가 아닙니다.
• "림프구가 종양 안으로 들어왔다" — 지도에는 종양 경계가 없어 "조직 안" 까지만 말할 수 있습니다.

다음에 할 수 있는 것

• Cox 회귀 — 침윤률을 자르지 않고 연속값 그대로, 나이·병기·암종과 함께. 15강의 함정을 피하는 가장 곧은 길입니다.
• 공간 통계 — 8·9강에서 만든 덩어리와 깊이를 제대로 다루면 "종양-면역 경계" 같은 개념에 다가갈 수 있습니다. 다만 18강에서 봤듯 모델 버전에 민감합니다.
• 다른 자료와 엮기 — 같은 TCGA 환자의 발현·변이 자료가 공개되어 있습니다. 석박사의 유전자탐색 첫걸음과 단일세포 면역지도 첫걸음이 그 길을 갑니다.
• 검증 — 여기서 얻은 결과를 다른 코호트에서 다시 봅니다. 이 강의가 가르친 어떤 기법보다 강력한 방법입니다.