번역되지 않는 부위가
얼마나 만들어질지 정한다
I~V 권에서 표적을 고르고, 에피토프를 걸러 내고, 코돈을 다듬고, 가상 클로닝까지 마쳤습니다. 이 권은 논문의 선택 단계입니다 — 코딩 서열 바깥.
리보솜을 옳은 자리에 세우는 코자크 서열, 프레임을 훔쳐 가는 상류 AUG, 논문이 이름을 적은 검증된 사람 UTR 다섯 개와 그중 가장 좋았던 짝, 그리고 여섯 조합을 전부 돌리는 법을 익힙니다.
마지막에 m1Ψ 가 나옵니다. 이 여섯 권에서 유일하게 예측이 아닌 것입니다 — 승인된 백신이 실제로 쓰는 변형입니다. 그렇다고 이 논문의 구조체가 검증된 것은 아닙니다. 그 선을 20강에서 긋습니다.
파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
🎀바깥부터 본다
코딩 서열은 분자의 4분의 3입니다. 나머지 4분의 1 이 언제 · 얼마나 · 얼마나 오래를 정합니다.
🚫함정을 먼저 센다
상류 AUG 하나가 리딩프레임 전체를 밀어 버립니다. 찾는 코드를 손으로 씁니다.
✖️조합은 곱하기다
5′ 셋 × 3′ 둘 = 여섯. 고를 근거가 없을 때는 전부 돌립니다.
🧪한 번은 진짜다
m1Ψ 는 승인된 백신이 쓰는 것입니다. 그것이 나머지를 검증해 주지 않는다는 것까지 배웁니다.
전체 커리큘럼
01
코딩 서열은 분자의 전부가 아니다 — 다섯 토막
선택 단계 · 5′ 캡 → 5′ UTR → CDS/MEVC → 3′ UTR → poly(A)
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02
5′ 캡 — 리보솜에게 건네는 첫인사
선택 단계 · 인식 · 개시 · 분해로부터의 보호
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03
5′ UTR 과 코자크 서열 — 리보솜을 옳은 자리에 세운다
선택 단계 · 시작코돈을 둘러싼 보존 모티프
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04
짧은 쪽이 대개 낫다 — 구조가 스캐닝을 막는다
선택 단계 · 5′ UTR 길이와 이차 구조
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05
상류 AUG 와 상류 열린해독틀 — 프레임을 훔쳐 가는 함정
선택 단계 · uAUG 와 uORF 를 피한다
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06
3′ UTR — 얼마나 오래 버티느냐를 정한다
선택 단계 · 안정성 · 위치 · 재활용 · 종결 · 폴리아데닐화 신호
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07
손으로 해 보기 — uAUG 를 찾고 코자크 맥락에 점수를 준다
선택 단계 · 5′ UTR 후보 고르기 실습
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08
검증된 사람 5′ UTR 셋 — TMSB10 · Ces1d · β-글로빈
선택 단계 · 논문이 이름을 적은 5′ 후보들
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09
검증된 사람 3′ UTR 둘 — Apo A-II 와 AP3B1
선택 단계 · 반감기 연장 · 높은 단백질 산출
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10
가장 좋았던 짝 — 5′ TMSB10 과 3′ Apo A-II
선택 단계 · 바이러스 코딩 서열과 함께 쓸 때
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11
조합은 곱하기다 — 체계적으로 다 돌려 보기
선택 단계 · 총 조합 = 5′ UTR 개수 × 3′ UTR 개수
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12
UTR 은 어디서 받나 — UTRdb 와 Ensembl
선택 단계 · utrdb.cloud.ba.infn.it · ensembl.org
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13
조립 경로 — 역번역에서 RNAfold 까지 네 걸음
선택 단계 · rev_trans · Biomodel · UTR 붙이기 · RNAfold
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14
몸이 내 mRNA 를 공격한다 — 엔도솜의 TLR 과 세포질의 RIG-I · MDA5
선택 단계 · 패턴인식수용체 · TLR7 · RIG-I · MDA5
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15
인터페론 역설 — 면역을 더 깨우면 항원이 더 줄어든다
선택 단계 · I형 인터페론 증폭 · 국소 염증 · 항원 발현 감소
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16
우리딘을 바꿔 끼운다 — 승인된 백신이 실제로 쓰는 m1Ψ
선택 단계 · N1-메틸슈도우리딘 · 슈도우리딘 · 임상 승인 백신
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17
다른 변형들 — m5C · m6A · s2U, 그리고 이중나선 안정성
선택 단계 · 5-메틸시티딘 · N6-메틸아데노신 · 2-티오우리딘
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18
함정 셋 — GC 는 양날이고, 길면 부서지고, 전달체는 범위 밖이다
선택 단계 · GC 30~70% · 길이 · LNP 는 저자들이 범위 밖이라 적었다
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19
종합 실습 — 분자 하나를 끝까지 짓고 여섯 조합을 표로 만든다
선택 단계 · 조립 · 조합 screening · MFE 비교표
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20
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것 — 여섯 권을 닫으며
선택 단계 · 그리고 I~VI 권 전체의 경계
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