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Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps VI

The parts never translated
decide how much gets made

Volumes I to V picked the target, filtered the epitopes, optimised the codons and finished the in-silico cloning. This volume is the paper's optional step — everything outside the coding sequence.
The Kozak sequence that parks the ribosome in the right place, the upstream AUGs that steal the reading frame, the five validated human UTRs the paper names, the best reported pair, and how to screen all six combinations.
At the end comes m1-pseudouridine — the one thing in six volumes that is not a prediction, because the approved vaccines actually use it. That does not make this paper's own construct validated. Lesson 20 draws that line.
Python runs right inside this page. There is nothing to install.

🐍 Python🎀 UTR🎯 Kozak 🚫 uAUG🧪 m1-psi📐 RNAfold🇬🇧 English
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How you'll learn

🎀Start from the outside

The coding sequence is three quarters of the molecule. The other quarter decides when, how much and how long.

🚫Count the traps first

One upstream AUG shifts the whole reading frame. You write the finder yourself.

✖️Combinations multiply

Three by two is six. With no basis to choose, you run all of them.

🧪One thing is real

m1-pseudouridine is what approved vaccines use — and you learn why that validates nothing else.

Full curriculum

01
코딩 서열은 분자의 전부가 아니다 — 다섯 토막
선택 단계 · 5′ 캡 → 5′ UTR → CDS/MEVC → 3′ UTR → poly(A)
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02
5′ 캡 — 리보솜에게 건네는 첫인사
선택 단계 · 인식 · 개시 · 분해로부터의 보호
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03
5′ UTR 과 코자크 서열 — 리보솜을 옳은 자리에 세운다
선택 단계 · 시작코돈을 둘러싼 보존 모티프
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04
짧은 쪽이 대개 낫다 — 구조가 스캐닝을 막는다
선택 단계 · 5′ UTR 길이와 이차 구조
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05
상류 AUG 와 상류 열린해독틀 — 프레임을 훔쳐 가는 함정
선택 단계 · uAUG 와 uORF 를 피한다
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06
3′ UTR — 얼마나 오래 버티느냐를 정한다
선택 단계 · 안정성 · 위치 · 재활용 · 종결 · 폴리아데닐화 신호
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07
손으로 해 보기 — uAUG 를 찾고 코자크 맥락에 점수를 준다
선택 단계 · 5′ UTR 후보 고르기 실습
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08
검증된 사람 5′ UTR 셋 — TMSB10 · Ces1d · β-글로빈
선택 단계 · 논문이 이름을 적은 5′ 후보들
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09
검증된 사람 3′ UTR 둘 — Apo A-II 와 AP3B1
선택 단계 · 반감기 연장 · 높은 단백질 산출
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10
가장 좋았던 짝 — 5′ TMSB10 과 3′ Apo A-II
선택 단계 · 바이러스 코딩 서열과 함께 쓸 때
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11
조합은 곱하기다 — 체계적으로 다 돌려 보기
선택 단계 · 총 조합 = 5′ UTR 개수 × 3′ UTR 개수
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12
UTR 은 어디서 받나 — UTRdb 와 Ensembl
선택 단계 · utrdb.cloud.ba.infn.it · ensembl.org
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13
조립 경로 — 역번역에서 RNAfold 까지 네 걸음
선택 단계 · rev_trans · Biomodel · UTR 붙이기 · RNAfold
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14
몸이 내 mRNA 를 공격한다 — 엔도솜의 TLR 과 세포질의 RIG-I · MDA5
선택 단계 · 패턴인식수용체 · TLR7 · RIG-I · MDA5
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15
인터페론 역설 — 면역을 더 깨우면 항원이 더 줄어든다
선택 단계 · I형 인터페론 증폭 · 국소 염증 · 항원 발현 감소
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16
우리딘을 바꿔 끼운다 — 승인된 백신이 실제로 쓰는 m1Ψ
선택 단계 · N1-메틸슈도우리딘 · 슈도우리딘 · 임상 승인 백신
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17
다른 변형들 — m5C · m6A · s2U, 그리고 이중나선 안정성
선택 단계 · 5-메틸시티딘 · N6-메틸아데노신 · 2-티오우리딘
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18
함정 셋 — GC 는 양날이고, 길면 부서지고, 전달체는 범위 밖이다
선택 단계 · GC 30~70% · 길이 · LNP 는 저자들이 범위 밖이라 적었다
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19
종합 실습 — 분자 하나를 끝까지 짓고 여섯 조합을 표로 만든다
선택 단계 · 조립 · 조합 screening · MFE 비교표
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20
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것 — 여섯 권을 닫으며
선택 단계 · 그리고 I~VI 권 전체의 경계
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