Lesson 13 of 20
조립 경로 — 역번역에서 RNAfold 까지 네 걸음
선택 단계 · rev_trans · Biomodel · UTR 붙이기 · RNAfold
III 권의 산물은 아미노산 사슬이었습니다 — 309 아미노산 짜리 MEVC. UTR 은 RNA 조각입니다. 둘을 이어 붙이려면 같은 말로 바꿔야 합니다.
논문이 적은 경로는 네 걸음입니다.
| 걸음 | 도구 | 무엇을 하나 |
|---|---|---|
| 1. 역번역 | bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html |
아미노산 → DNA |
| 2. 전사 | Biomodel | DNA → RNA |
| 3. UTR 붙이기 | 손 | 5′UTR + CDS/MEVC + 3′UTR |
| 4. 접기 | RNAfold | MFE · 이차 구조 · 염기쌍 확률 |
MFE 가 낮을수록 안정하다
왜 굳이 역번역을 하나
MEVC 는 아미노산 서열로 설계됐습니다. 에피토프를 이어 붙였으니까요. 그런데 IV 권에서 LinearDesign 으로 코돈 최적화를 했다면 이미 DNA 가 손에 있습니다.
IV 권을 거쳤다면
최적화된 DNA 가 이미 있습니다. 1 걸음을 건너뛰고 전사부터 합니다.
CAI 0.83 과 GC 53.61% 가 그 서열의 것입니다
아미노산만 있다면
rev_trans 로 되돌립니다. 다만 이 되돌리기는
코돈 최적화가 아닙니다 — 그냥 코돈 하나를 고를 뿐입니다
오른쪽 상자가 함정입니다. 역번역은 최적화가 아닙니다. IV 권을 건너뛰고 rev_trans 만 쓰면 CAI 도 MFE 도 다듬어지지 않은 서열이 나옵니다.
이음매 검사가 이 실습의 핵심입니다. 붙이기 전에는 없던 AUG 가 붙인 뒤 생길 수 있습니다.
Python
Runs in your browser
붙인 뒤에 다시 하는 세 가지 확인
| 확인 | 어디서 배웠나 | 왜 다시 하나 |
|---|---|---|
| 서열 연속성 | III 권 | 붙이다 글자가 빠지거나 겹칠 수 있다 |
| 리딩프레임 | III 권 | 5′ UTR 의 길이가 프레임을 밀지는 않는지 |
| 조기 종결코돈 없음 | III 권 | 이음매에서 새 종결코돈이 생길 수 있다 |
| 이음매의 새 AUG | 이 권 7강 | UTR 을 붙일 때만 생기는 위험 |
앞의 셋은 이미 배운 것을 다시 하는 것이고, 마지막 하나가 이 권이 더한 것입니다.
🤔 Check yourself
논문이 적은 조립 경로의 순서는?
Answer 아미노산을 DNA 로 되돌리고, RNA 로 옮기고, 양끝을 붙이고, 전체를 접습니다.
🤔 Check yourself
역번역(rev_trans)에 대해 옳은 것은?
Answer 코돈 최적화는 IV 권의 LinearDesign(λ=3)이 하는 일입니다. 역번역은 아미노산을 되돌릴 뿐입니다.
🤔 Check yourself
UTR 을 붙인 뒤 MFE 가 IV 권의 −299.50 보다 낮게 나왔다. 옳은 해석은?
Answer −299.50 은 CDS 927 nt 만의 값입니다. UTR 을 붙이면 길이가 늘고 MFE 는 반드시 더 낮아집니다. 견주려면 길이를 맞추거나 nt 당으로 봐야 합니다.