12. UTR 은 어디서 받나 — UTRdb 와 Ensembl · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps VI

8~10강에서 이름 다섯 개를 얻었습니다. 그런데 이름은 서열이 아닙니다.

논문이 적은 받는 곳은 둘입니다.

🗄️

UTRdb

utrdb.cloud.ba.infn.it
UTR 전용 자료원

🌐

Ensembl

유전체 전반의 자료원. 전사체를 골라 UTR 을 떼어냅니다

I 권에서 UniProt 과 NCBI 에서 단백질 서열을 받았던 것과 같은 걸음입니다. 다만 이번에는 고르는 일이 하나 더 붙습니다.

두 자료원을 눌러 무엇을 주는지, 무엇을 정해 줘야 하는지 봅니다.

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받아 온 뒤 반드시 적어 둘 것

적을 것	왜
자료원 이름과 접속 날짜	자료원은 바뀝니다. 날짜가 없으면 재현이 안 됩니다
유전자 이름과 종	Ces1d 처럼 사람 유전자가 아닌 것도 목록에 있습니다
전사체 번호	같은 유전자라도 전사체마다 UTR 이 다릅니다
유전체 버전	좌표가 버전마다 다릅니다
길이와 GC	받은 것이 맞는지 스스로 검산하는 값입니다

맨 위 줄이 이 논문 자체의 약점과 이어집니다. 이 논문은 원자료 접근번호를 적지 않았습니다. 그래서 독립적인 재현이 어렵습니다. 우리는 같은 실수를 하지 않습니다.

받아 온 것을 그대로 믿지 않습니다. 세 가지 검산을 붙여 넣기 전에 합니다.

Python Runs in your browser

# 받아 온 서열을 '검산' 하는 최소한의 절차.
# 아래 서열은 예시다 - 실제 TMSB10 의 것이 아니다.
def check(name, seq, kind):
    seq = seq.upper().replace("T", "U")
    ok = all(c in "ACGU" for c in seq)
    gc = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) * 100
    naug = sum(1 for i in range(len(seq) - 2) if seq[i:i+3] == "AUG")
    print("%-22s %s" % (name, kind))
    print("   길이 %d nt" % len(seq))
    print("   문자 검사 %s" % ("통과" if ok else "실패 - ACGU 밖의 글자가 있다"))
    print("   GC %.1f %%" % gc)
    if kind == "5' UTR":
        print("   내부 AUG %d 개 %s" % (naug, "" if naug == 0 else "<- 5강의 함정"))
    print()

check("예시 5' UTR", "GGCUUCGCCACC", "5' UTR")
check("예시 5' UTR (나쁜 것)", "GGCAUGUUCGCCACC", "5' UTR")
check("예시 3' UTR", "GCUGCCUUAAGCUUGCAUCAAUAAAGCUGCC", "3' UTR")

print("검산 셋")
print("  1. 문자가 ACGU 뿐인가 - N 이나 소문자가 섞이면 뒤에서 조용히 깨진다")
print("  2. 길이가 예상 범위인가")
print("  3. 5' UTR 에 AUG 가 있는가 - 있으면 그 후보는 버리거나 손봐야 한다")

두 자료원의 성격이 다르다

UTRdb — 전용

UTR 만 모아 둔 곳입니다. 찾는 것이 바로 나옵니다. 대신 담긴 범위가 그 자료원이 정한 만큼입니다

Ensembl — 전반

유전체 전체가 있습니다. 전사체를 골라 UTR 구간을 떼어내는 일을 내가 해야 합니다. 대신 버전과 좌표가 분명합니다

I 권에서 UniProt 과 NCBI 를 함께 쓴 것과 같은 짜임입니다 — 빠른 곳과 정확한 곳을 둘 다 열어 두고 교차 확인합니다.

이 강이 이 논문의 가장 큰 흠과 맞닿는다

20강에서 다시 말하겠지만 여기서 한 번 짚습니다. 이 논문은 원자료 접근번호를 적지 않았습니다. 그래서 남이 같은 서열로 같은 계산을 다시 해 볼 수 없습니다.

우리가 12강에서 배우는 것은 정확히 그 반대입니다 — 받은 것을 어디서 언제 어느 버전으로 받았는지 적는 일. 절차를 배우면서 그 절차의 흠까지 함께 배웁니다.

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논문이 적은 UTR 자료원 둘은?

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“TMSB10 의 5′ UTR” 이라고만 적으면 부족한 까닭은?

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받아 온 5′ UTR 후보에서 AUG 를 발견했다. 무엇을 해야 하나?