손박사의 표적 발굴 첫걸음

유전자 만 개를 껐다
어느 것이 표적인가

"가장 크게 흔들린 것" 이 답이라면 이 강의는 필요 없습니다. 그렇지 않습니다. 가장 크게 흔드는 유전자는 대개 모든 세포에 필요한 유전자고, 그런 것은 표적이 아니라 독성입니다.
표적은 질환 신호를 되돌리면서 · 건강한 세포는 건드리지 않고 · 붙잡을 홈이 있고 · 사람 유전학이 편드는 유전자입니다. 이 20강에서 그 네 겹의 체를 직접 만들고, 실제 CRISPRi 스크린 자료 135개를 통과시킵니다. 135 → 129 → 115 → 103 → 87 → 54. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다.

🐍 Python🎯 표적 발굴✂️ Perturb-seq 🔁 역방향 점수🧯 DepMap🧬 사람 유전학🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

🔁되돌리는 것을 찾는다

많이 흔든 유전자가 아니라 질환 신호를 거꾸로 돌리는 유전자를 찾습니다. 연결지도 방식의 점수를 손으로 만들어 봅니다.

🧯속는 법을 먼저

세포주기가 만드는 가짜 히트, 안 껴진 유전자의 가짜 음성, 효과 크기로 줄 세울 때 올라오는 독성 유전자 — 함정을 손으로 겪습니다.

▶️진짜 자료로

사람 1차 CD4+ T세포 CRISPRi 스크린의 실제 결과 135개와 DepMap 공통필수 1,247개를 그대로 씁니다. 대리 자료가 아닙니다.

🚫없는 것은 없다고

약물성 점수와 사람 유전학 점수는 이 자료에 없습니다. 지어내지 않고 비워 둡니다 — 어디서 채워야 하는지까지만 적습니다.

전체 커리큘럼

표적을 고르는 일 — 나머지 전부가 여기에 달려 있다

Insilico Medicine 파이프라인 15개 · ISM001-055(TNIK) 의 출발점

상관은 표적을 못 고른다 — 그래서 껴 봐야 한다

환자에서 올라간 유전자와 병을 일으키는 유전자는 다른 목록이다

질환 신호 — 무엇을 되돌릴 것인지 먼저 정한다

신호가 없으면 히트라는 말에 뜻이 없다

접시 위의 병 — 세포가 질문을 정한다

실제 스크린 조건 셋 · Rest · Stim8hr · Stim48hr

자를까 끌까 켤까 — 세 가지 교란이 묻는 것이 다르다

CRISPRko · CRISPRi(dCas9-KRAB) · CRISPRa

라이브러리 — 몇 개를, 몇 개씩, 얼마나 깊이

유전체 규모 11,526개 대 표적 지향 수백 개

세포 수가 결론을 정한다 — 검정력을 먼저 계산한다

실제 스크린의 유전자별 세포 수 · 52개에서 1,820개까지

진짜 껐는가 — 유전자 자신에게 물어본다

ontarget effect · 실제 값 −41.6 에서 −0.4 까지

흔들렸는가 — 비표적 대조군이 그리는 귀무분포

에너지 거리 · 순열검정 · Replogle et al., Cell 185:2559 (2022)

【실습】 역방향 점수 — 병을 되돌리는 쪽으로 움직였는가

연결지도(Connectivity Map) 방식의 점수와 그 귀무분포

세포주기 — 가장 흔한 가짜 히트

증식이 느려지면 전사체 전체가 같이 움직인다

유전자 팀 — 팀에서 가장 약 만들기 쉬운 사람을 고른다

실제 기능 클러스터 112개 · TCR 신호 · Integrator 복합체 …

네트워크가 낸 답과 맞대 본다 — 마스터 조절자

ARACNe → VIPER 의 예측을 교란으로 확인한다

모두를 죽이는 유전자는 표적이 아니다 — DepMap 체

공통필수 1,247개 · 비필수 781개 · 실제 목록

조직 제한성 — 좁게 쓰이는 유전자가 안전하다

GTEx 54개 조직 · 폭이 좁을수록 부작용 자리가 적다

붙잡을 홈이 있는가 — 약으로 만들 수 있어야 표적이다

Pharos 단계 · 저분자 · 항체 · 분해제 · 올리고

사람 유전학 — 성공률을 두 배로 올리는 한 칸

Nelson et al., Nat Genet 47:856 (2015) · Minikel et al., Nature 629:624 (2024)

함정 — 접시가 병이 아닐 때, 그리고 나머지 넷

이 파이프라인이 실제로 무너지는 다섯 가지 길

【실습 종합】 표적에 점수를 매겨 줄을 세운다

135 → 129 → 115 → 103 → 87 → 54 · 그리고 그 뒤

정리 — 이 파이프라인으로 말할 수 있는 것과 없는 것

그리고 검증 사다리 · 실험실 없이 오늘 시작하는 법