Lesson 20 of 20

정리 — 이 파이프라인으로 말할 수 있는 것과 없는 것

그리고 검증 사다리 · 실험실 없이 오늘 시작하는 법

말할 수 있는 것

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인과

이 유전자를 끄면 이 세포가 실제로 움직인다

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팀

이 유전자는 이 기능 팀에 속한다 — 대신 칠 후보가 있다

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독성 배제

이 유전자는 모든 세포에 필요한 것은 아니다

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질환 연결

이 팀에 질환 유전 신호가 몰려 있다

High school말할 수 있는 것

주장	근거
상관만으로는 표적을 고를 수 없다	2강
질환 신호를 먼저 정의해야 히트에 뜻이 생긴다	3강
세포 수가 부족하면 어떤 결론도 못 낸다	7강 — 52개~1,820개
억제 확인 없는 결과는 결과가 아니다	8강 — −41.6~−0.4
크게 흔든 유전자가 좋은 표적은 아니다	9·14강
체를 차례로 걸면 135개가 54개가 된다	19강

말할 수 없는 것

"이 표적이 사람에서 듣는다"

배양한 T세포에서 본 것입니다. 사람이 아닙니다

"조용했으니 표적이 아니다"

세포 · 넉다운 · 세포 수 셋 중 하나였을 수 있습니다

"전사체가 돌아갔으니 나았다"

전사는 그림자입니다. 표현형을 봐야 합니다

"1등이 가장 좋은 약이 된다"

약물성과 유전학 칸이 비어 있습니다

High school말할 수 없는 것

말할 수 없는 것	왜
54개가 다 좋은 표적이다	다음 단계의 검증이 남음
접시의 결과가 사람에서도 같다	18강 ① — 모델의 한계
유전자를 끄는 것 = 약으로 막는 것	시간·정도·비효소 기능이 다름
이 체를 통과 못 한 것은 나쁜 표적이다	체는 거칠고, 기술은 바뀜
점수 순위가 곧 성공 확률이다	가중치는 사람이 정함

실험실 없이 오늘 시작하는 법

이 강의의 계산은 전부 공개 자료로 다시 만들 수 있습니다. 스크린을 돌리기 전에 파이프라인부터 검증하세요.

자원	무엇을 준다
Replogle 유전체 규모 Perturb-seq (K562 · RPE1, 약 250만 세포)	기준이 되는 교란 아틀라스
scPerturb	여러 교란 단일세포 자료를 한 형식으로 모은 것
LINCS L1000	화합물 · shRNA 교란 — 역방향 점수를 맞대 볼 상대
DepMap · GTEx · Open Targets · ChEMBL	안전 체와 약물성 체
GEARS · scGPT 계열 모델	안 해 본 교란의 결과를 예측 — 다음 라이브러리 고르기

검증 방법: 이미 약이 있는 질환에 파이프라인을 돌려 보세요. 그 약의 표적이 위쪽에 나오면 파이프라인이 작동하는 것입니다. 그때 돈을 씁니다.

High school검증 사다리

표적 후보가 나온 뒤 올라가야 할 사다리입니다. 위로 갈수록 비싸고 확실해요.

단계	확인하는 것	비용
공개 자료 대조	다른 코호트에서도 그런가	거의 0
독립 모델 재현	다른 세포에서도 그런가	낮음
다른 교란 방식	siRNA·녹아웃·약물로도 같나	중간
기전 확인	왜 그런가	중간
동물모델	몸에서도 그런가	높음
사람 유전학 대조	사람에서 증거가 있나	낮음 — 17강

마지막 줄이 싸면서 강력합니다 — 그래서 일찍 확인할 가치가 있습니다.

20강 동안 만든 것이 이 표입니다. 마지막 줄이 정직함의 자리입니다 — 무엇이 없는지 적어 두는 칸.

Python Runs in your browser

import tgt

# 이 강의가 만든 것 전부를 한 번에
steps, alive = tgt.funnel()
s = tgt.STATS

print("=" * 46)
print("  표적 발굴 파이프라인 — 최종 요약")
print("=" * 46)
print("  스크린 유전자        ", s["screen_genes"])
print("  상세 결과가 있는 것   ", s["detail_genes"])
print("  기능 클러스터        ", s["clusters"])
print("  질환과 이어진 클러스터 ", s["disease_clusters"])
print("  DepMap 공통필수      ", s["depmap_essential"])
print("-" * 46)
for label, n in steps:
    print("  " + label.ljust(22) + str(n).rjust(5))
print("-" * 46)
print("  아직 비어 있는 칸: 역방향 점수 · 약물성 · 사람 유전학")
print("=" * 46)

High school실험실 없이 오늘 시작하는 법

이 강의의 많은 부분은 공개 자료로 할 수 있습니다.

단계	공개 자료로	어디
질환 신호 만들기	가능	/geo
교란 자료 읽기	가능	/pseq · /pdrug
필수성 확인	가능	DepMap
조직 발현	가능	GTEx
약물화 가능성	가능	Pharos · ChEMBL
유전 증거	가능	/gwas · Open Targets
네트워크 추론	가능	/arac · /viper

필요한 것은 실험실이 아니라 어디를 두드릴지 아는 것과 함정을 아는 것입니다.

그리고 이 강의가 가르친 함정 다섯 가지(18강)를 옆에 두고 보세요. 자료를 읽는 능력의 절반이 거기 있습니다.

🤔 Check yourself

이 파이프라인을 통과한 유전자에 대해 말할 수 있는 것은?

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실험실 없이 이 파이프라인을 검증하는 가장 좋은 방법은?

🤔 Check yourself

이 강의가 역방향 점수를 실제 값으로 계산하지 않은 이유는?