Lesson 8 of 20
진짜 껐는가 — 유전자 자신에게 물어본다
ontarget effect · 실제 값 −41.6 에서 −0.4 까지
가이드를 넣었다고 유전자가 꺼진 것은 아닙니다. 가이드마다 효율이 다르고, 어떤 가이드는 거의 아무 일도 하지 않습니다.
CRISPRi 에는 아주 편한 자기검사가 있습니다. 그 유전자 자신의 전사량을 보면 됩니다. 전사를 막는 방식이니, 잘 걸렸으면 그 유전자의 mRNA 가 줄어 있어야 합니다.
안 껴진 유전자가 조용한 것은 당연합니다. 그런데 그것이 표에는 '효과 없음' 으로 적힙니다.
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왜 이것이 가짜 음성의 가장 큰 원천인가
체를 안 쓰면
안 껴진 유전자가 효과 없음으로 표에 남습니다.
좋은 표적이 조용하다는 이유로 영영 버려집니다
좋은 표적이 조용하다는 이유로 영영 버려집니다
체를 쓰면
안 껴진 것은 결측으로 뺍니다.
"표적이 아니다" 가 아니라 "아직 못 물어봤다" 로 남습니다
"표적이 아니다" 가 아니라 "아직 못 물어봤다" 로 남습니다
이 차이가 중요합니다. 결측으로 남기면 다음 스크린에서 가이드를 바꿔 다시 물을 목록이 생깁니다. 효과 없음으로 적으면 그 목록이 사라집니다.
여기 든 유전자를 '표적이 아니다' 로 읽으면 안 됩니다. 아직 제대로 물어보지 못한 것입니다.
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🤔 Check yourself
CRISPRi 스크린에서 넉다운이 걸렸는지를 확인하는 가장 직접적인 방법은?
Answer CRISPRi 는 전사를 막습니다. 잘 걸렸으면 그 유전자의 mRNA 가 줄어 있어야 합니다. 같은 실험 안에서 공짜로 얻는 자기검사입니다.
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넉다운이 실패한 유전자를 결과표에 어떻게 남기는 것이 맞습니까?
Answer '효과 없음' 으로 적으면 그 유전자는 영영 버려집니다. 아직 물어보지 못한 것이므로 결측으로 남기고 가이드를 바꿔 다시 물어야 합니다.