Lesson 18 of 20

함정 — 접시가 병이 아닐 때, 그리고 나머지 넷

이 파이프라인이 실제로 무너지는 다섯 가지 길

지금까지 만든 체를 전부 통과한 표적이 있다고 합시다. 그래도 틀릴 수 있습니다. 자주 무너지는 길이 다섯입니다.

High school이 파이프라인이 무너지는 다섯 가지 길

	함정	한 줄로
①	접시가 병이 아님	모델이 질환을 반영 못 함
②	억제가 안 됨	CRISPRi는 완전히 없애지 못함
③	크게 흔든 것 ≠ 좋은 표적	필수 유전자가 상위를 차지
④	세포주기 착시	증식이 느려진 것을 치료로 오해
⑤	검정력 부족	세포가 적어 "변화 없음"이 나옴

High school① 접시가 병이 아닐 때

가장 근본적인 함정입니다. 4강에서 본 문제예요.

어긋나는 지점	내용
세포 종류가 다름	병이 일어나는 세포가 아님
자극이 다름	실제 병의 자극을 흉내 못 냄
시간 규모	병은 수년, 실험은 며칠
세포 간 상호작용 없음	단일 세포 종류만

확인 방법 — 이미 듣는 것으로 알려진 약이 이 모델에서 듣나 봅니다.

High school② 억제 실패 · ③ 큰 것과 좋은 것

② 억제 실패. 5강과 8강에서 본 것입니다. CRISPRi는 완전히 없애지 못해요. 억제가 약하면 "효과 없음"이 나오는데, 그건 표적의 문제가 아니라 실험의 문제입니다.

대응	내용
ontarget effect 문턱	못 넘으면 미판정
여러 가이드 사용	하나가 실패해도 다른 것이
다른 방법으로 재확인	녹아웃·siRNA·약물

③ 크게 흔든 것 ≠ 좋은 표적. 9강과 14강의 결론입니다. 전사·번역 기구가 가장 크게 흔들지만, 그들은 모든 세포에 필수예요.

파장의 크기가 아니라 선택성이 표적의 조건입니다.

왼쪽 열넷 중 열둘이 체에 걸립니다. 그런데 걸린 것들을 보세요 — CD3E · LAT · PLCG1, 전부 진짜 TCR 신호 유전자입니다.

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import tgt

# 함정 5 를 실제 자료에서 다시 확인한다
rows = [r for r in tgt.rows() if r["kd_ok"] and r["maxcell"] >= 100]

by_effect = sorted(rows, key=lambda r: -r["act"])[:14]
by_target = sorted([r for r in rows if not r["ess"] and r["n_dis"] > 0],
                   key=lambda r: -r["act"])[:14]

keep = {r["gene"] for r in by_target}
print("효과 크기 순위 14              표적성 순위 14")
print("(체 없음)                     (공통필수 뺌 + 질환 연결)")
for a, b in zip(by_effect, by_target):
    mark = "!" if a["ess"] else (" " if a["gene"] in keep else "x")
    print(f"{a['gene']:<10}{a['act']:>6} {mark}     {b['gene']:<10}{b['act']:>6}")
print()
print("!  DepMap 공통필수 — 독성입니다")
print("x  체를 통과하지 못한 것 — 질환과 이어지지 않았습니다")
print()
gone = [r["gene"] for r in by_effect if r["gene"] not in keep]
print("왼쪽 14개 중 오른쪽에 없는 것:", len(gone), "개 —", ", ".join(gone))

함정 5의 뒷면 — 체도 틀린다

위 결과를 정직하게 읽어야 합니다. 체에 걸린 것 중에 CD3E · LAT · PLCG1 · CD3D · VAV1 이 있습니다. 독성이라서가 아니라 질환 클러스터에 안 들어서 떨어졌습니다.

이들은 진짜 TCR 신호 유전자입니다. 자가면역과 무관할 리가 없습니다. 떨어진 이유는 이들이 든 클러스터가 이 농축 검정에서 유의하지 않았을 뿐입니다.

가장 세게 거르는 관문이 가장 자주 틀립니다. 이 깔때기에서 87 → 54 로 가장 많이 떨어뜨리는 것이 바로 이 관문입니다. 체를 만들었다고 체를 믿으면 안 됩니다 — 떨어진 목록도 함께 보세요.

High school④ 세포주기 · ⑤ 검정력, 그리고 점검표

④ 세포주기 착시는 11강, ⑤ 검정력 부족은 7강에서 다뤘습니다.

함정	미리 확인할 것
① 모델	알려진 약이 이 모델에서 듣나
② 억제	ontarget effect 문턱을 먼저 걸기
③ 필수성	DepMap 공통필수 제외 (14강)
④ 주기	세포주기 점수를 같이 보기
⑤ 검정력	세포 수 문턱 · 미판정으로 표시

다섯 함정 모두 결과를 보기 전에 대비할 수 있습니다 — 사후 변명보다 사전 설계가 낫습니다.

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