200기가바이트에서
0.5밀리리터까지
개 한 마리의 종양과 피를 각각 통째로 읽으면 200기가바이트가 나옵니다. 다섯 달 뒤 그 파일은 0.5밀리리터짜리 투명한 액체가 되어 주사기에 담겼어요.
이 20강은 그 사이에 끼어 있는 낱말들을 이야기 순서대로 하나씩 풉니다 — 체세포 변이 부르기 · Mutect2 · VEP · RMSD · OpenMM · NetMHCpan · 서열 설계 · IVT 와 RIN · SM-102 · LNP · DLS · 엔도솜 탈출. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
📖이야기 순서 그대로
교과서 차례가 아니라 소설의 차례를 따라갑니다. 3강을 읽으면 제6장이 읽히고, 16강을 읽으면 제11장이 읽힙니다.
🔢이야기에 나온 그 숫자로
VAF 0.847 · RMSD 3.87 Å · IC50 87 nM · RIN 8.4 · 겉보기 pKa 6.41 · 88 nm. 지어낸 값이 하나도 없습니다. 왜 그 숫자가 그 크기인지를 따집니다.
🚧실패한 배치도 함께
첫 LNP 는 210 nm 로, 두 번째는 QC 를 다 통과하고도 세포에서 실패했습니다. 성공한 배치만 보면 아무것도 못 배웁니다.
🛠️만지며 익히기
강마다 실험실 위젯이 하나씩 — VAF 문턱 · DFG 각도 · pKa 슬라이더 · 유속비를 직접 돌려 결론이 어떻게 뒤집히는지 봅니다.
전체 커리큘럼
01
다섯 달 — 이야기의 지도
『코딩 포 로지』 프롤로그~제15장 전체
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02
91나노미터 — 크기의 자를 먼저 만든다
제11장 「91나노미터. PDI 0.09」
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03
200기가바이트 — 조각을 제자리에 놓는다
제6장 「200기가바이트의 세계」
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04
체세포 변이 부르기 — 두 파일의 뺄셈
제6장 「소매틱 배리언트 콜링」 · GATK Mutect2
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05
VEP — 변이를 단백질의 말로 옮긴다
제6장 「VEP(Variant Effect Predictor)로 각 변이의 기능적 영향을 주석 달았다」
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06
4,847개에서 셋으로 — 운전자와 승객
제6장 「KIT p.Asp816Val. VAF 0.847」
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07
AlphaFold — 서열에서 좌표로
제7장 「보이지 않는 것을 보다」 · ColabFold, pLDDT 87.4
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08
RMSD — 두 구조가 얼마나 다른가
제7장 「RMSD 0.41 옹스트롬」 / 활성화 루프 3.87 Å
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09
고장난 스위치 — DFG-in 과 DFG-out
제7장 「야생형 142.3도, 변이형 67.8도」
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10
표면 노출 — 묻힌 것은 보이지 않는다
제7장 · DSSP 로 잰 RSA 0.83
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11
OpenMM — 사진 한 장에서 100나노초짜리 영상으로
제7장 「37도씨, 생리적 조건에서 100나노초. DFG-in 94.3%」
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12
NetMHCpan — 아홉 글자와 홈
제8장 「SVDGQVYIP가 IC50 87나노몰이었다」 · pVAC-Seq, DLA-88
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13
mRNA 서열 설계 — 캡부터 폴리A까지
제8장 「m7G 캡과 IgE 신호 펩타이드를 달고, 뒤에는 MITD와 polyA 꼬리를」
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14
코돈 최적화 — 같은 단백질, 다른 문장
제8장 「CAI가 0.61에서 0.89로 올라갔다」 · MFE −24.3 kcal/mol
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15
IVT — 시험관에서 mRNA 를 만든다, 그리고 RIN 으로 잰다
제11장 「IVT 반응으로 mRNA를 합성했다. 수율 148 µg/mL. RIN 8.4」
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16
SM-102 — pKa 가 전부다. 다만 어느 pKa 인가
제11장 「SM-102. pKa 6.68」 → 겉보기 pKa 6.41
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17
LNP 제조 — 네 가지 지질과 마이크로유체 혼합
제9장 「DLin-MC3-DMA 이온화 지질, DSPC, 콜레스테롤, PEG-DMG. 이 네 가지를…」
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18
DLS — 91 나노미터를 어떻게 쟀나
제9장·제11장 「210나노미터」 → 「91나노미터. PDI 0.09」 → 「88나노미터」
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19
몸 안에서 — 주사에서 세포자멸사까지
제12장 「클라이맥스: 엔도솜의 탈출」 · 제13장 「투여」
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20
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
제14장·제15장·작가 후기
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