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다섯 달 — 이야기의 지도
『코딩 포 로지』 프롤로그~제15장 전체
2024년 봄, 멜버른. 한 데이터과학자의 개가 비만세포종 3~4기 진단을 받습니다. 수술도 항암제도 실패했습니다. 수의사가 말합니다. "몇 달이요."
그는 자기가 할 줄 아는 것을 합니다. 데이터를 다루는 일입니다.
다섯 달 뒤, 냉동 박스 하나가 브리즈번으로 향합니다. 안에는 2 mL 짜리 바이알 세 개. 투명한 액체. 그 개의 종양에만 있는 돌연변이 세 개를 담은 맞춤형 mRNA 백신입니다.
소설을 읽다 보면 멈추게 되는 낱말들이 있습니다 — 엔도솜 · RMSD · Mutect2 · VEP · IC50 · 겉보기 pKa. 2026년에 소설이 크게 늘어나면서 그 낱말들은 이제 본문 안에서 풀립니다. 그러니 이 강의가 하는 일은 다릅니다.
숫자를 직접 만져 보는 것입니다. 91나노미터, VAF 0.847, 94.3%, IC50 87 nM — 소설에서는 확정된 사실로 지나가는 값들입니다. 여기서는 손잡이를 돌려 그 값이 어디까지 흔들리는지 봅니다.
다섯 달 동안 일어난 일
| 때 | 무슨 일 | 남은 숫자 | 이 강의 |
|---|---|---|---|
| 2024 여름 | 종양·혈액 전장유전체 시퀀싱 | 200 GB | 3강 |
| +2일 | 참조 게놈에 정렬 | 40× / 85× | 3강 |
| +수시간 | 체세포 변이 부르기 (Mutect2) | 4,847개 | 4강 |
| +하루 | VEP 주석 · 필터 | 수십 개 | 5강 |
| — | 드라이버 하나가 눈에 들어옴 | KIT D816V | 6강 |
| +40분 | AlphaFold 구조 예측 | pLDDT 87.4 | 7강 |
| — | 구조 비교 | RMSD 3.87 Å | 8~10강 |
| +며칠 | OpenMM 분자동역학 100 ns | DFG-in 94.3% | 11강 |
| — | NetMHCpan 신생항원 예측 | IC50 87 nM | 12강 |
| 2025 가을 | mRNA 서열 설계 · 코돈 최적화 | CAI 0.89 | 13~14강 |
| — | IVT 합성 | RIN 8.4 | 15강 |
| — | LNP 1차 배치 — 실패 | 210 nm / 65% | 16~18강 |
| — | SM-102 로 다시 — QC 는 통과 | 91 nm / 93.8% | 16~18강 |
| — | 그런데 엔도솜 탈출 실패 | 피어슨 0.82 | 16·18강 |
| — | 제조 조건 셋을 고침 | 88 nm · pKa 6.41 | 16~18강 |
| 2025-12 | 대퇴부 근육 주사 | 0.5 mL | 19강 |
| +6주 | 초음파 | 지름 절반 | 20강 |
표를 위에서 아래로 읽으면 숫자가 줄어들다가 다시 늘어납니다. 200 GB → 4,847 → 3개 → 다시 91 nm 짜리 구체 수억 개. 가운데의 3 이 이 이야기의 허리입니다.
학생들이 멈추는 자리
이 강의를 만든 이유는 단순합니다. 소설을 읽던 학생들이 같은 자리에서 멈췄습니다. 그 자리를 다 모으면 열다섯 개쯤 됩니다.
이 열다섯 개가 이 강의의 뼈대입니다. 다른 것은 넣지 않았습니다.
지금은 이 표의 절반도 안 읽힐 겁니다. 20강을 마치면 열 줄 전부가 읽힙니다.
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🤔 Check yourself
이 이야기에서 '맞춤형(personalised)'이라는 말이 뜻하는 것은 무엇인가요?
Answer 맞춤형의 핵심은 표적이 이 개체에만 있다는 것입니다.
KIT D816V 는 로지의 종양 세포가 태어난 뒤에 얻은 변이라, 로지의 정상 세포에도 없고
다른 개에게도 (대체로) 없습니다. 그래서 이 백신은 다른 개에게 쓸 수 없습니다.
용량 조절이나 허가 문제는 그다음 이야기입니다.
🤔 Check yourself
200 GB 에서 시작한 것이 결국 아홉 글자짜리 펩타이드 세 개가 되었습니다. 이 줄어듦에서 가장 많이 버려진 것은?
Answer 전장유전체의 거의 전부는 혈액에도 종양에도 똑같이 있습니다.
그게 로지가 가지고 태어난 유전체(생식세포 유전체)이고, 면역계는 그것을 자기로 알기 때문에
표적이 될 수 없습니다. 이야기 전체가 '두 샘플의 차이'만 남기는 과정입니다.
4강에서 그 뺄셈을 직접 합니다.