손박사의 반전유두종에서 암까지

돌연변이는 반만 이어졌다
발현은 전부 이어졌다

코 안쪽에 반전유두종이라는 혹이 있습니다. 조직검사로는 암이 아닙니다. 그런데 열에 하나에서 넷은 암이 됩니다. 어느 것이 될지는 현미경으로 알 수 없습니다.
한 논문이 환자 11명에게서 정상 점막 · 혹 · 암 세 조각을 짝지어 떠서, 엑솜과 RNA 와 미토콘드리아를 한꺼번에 읽었습니다. 세 자가 서로 다른 답을 냈습니다. 이 20강에서는 그 세 답을 직접 재어, 어느 자를 믿어야 하는지를 정합니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.

🐍 Python👃 부비동암🧬 WES 📈 RNA-seq🔋 mtDNA-seq🤖 PandaOmics🇰🇷 한국어

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이렇게 배웁니다

🪜계단을 재는 법을 배웁니다

정상 · 혹 · 암은 둘이 아니라 셋입니다. 둘씩 비교하는 흔한 방법으로는 계단이 보이지 않습니다. 혼합선형모형이 왜 필요한지를 손으로 확인합니다.

🧭세 자를 나란히 놓습니다

엑솜 · RNA · 미토콘드리아가 같은 조직에서 서로 다른 답을 냅니다. 열 중 다섯 · 전부 · 하나도 없음. 어긋남이 오류가 아니라 결과라는 것을 봅니다.

🕳️거르개가 지운 것을 찾습니다

이 논문의 첫 분석에는 EGFR 변이가 한 건도 없었습니다. 거르개 한 칸을 빼자 네 명에게서 나왔습니다. 필터는 잡음만 지우지 않습니다.

🤖AI 순위를 손으로 다시 만듭니다

마지막 두 강에서 PandaOmics 가 낸 표적 목록을 같은 규칙으로 다시 만들어 봅니다. 어떤 칸을 켜고 끄느냐에 따라 1등이 바뀝니다.

전체 커리큘럼

십만에 한 명, 그리고 5년에 40%

논문 Introduction · 발생률과 생존율

착한 혹이 암이 된다

논문 Introduction · 반전유두종과 10~25%

한 사람에게서 셋을 뜬다

논문 Methods · Samples · 환자 11명

파라핀 덩어리에서 꺼낸다

논문 Methods · DNA and RNA extraction · 신생물 세포비 70%

자 세 개를 나란히 댄다

논문 Methods · WES · RNA-seq · mtDNA-Seq

화산 그림 — 무엇이 얼마나 달랐나

논문 Figure 1A · limma-voom · Q < 0.05

계단을 재는 자

논문 Figure 1B · 혼합선형모형 · lme4 · 1,363 + 1,329

상위 200개가 말하는 것

논문 Figure 1C · Supplementary Table 4~6

유전자 말고 길로 본다

논문 Figure 2A · GSEApy · MSigDB Hallmark 2020 + KEGG 2021 · FDR q ≤ 0.05

길에도 위아래가 있다

논문 Figure 2B · 2C · iPANDA · Reactome · |점수| > 0.01

돌연변이를 세는 규칙

논문 Methods · Mutect2 · COSMIC v102 · 필터 넷

익숙한 이름들이 나왔다

논문 Figure 3A · 상위 50개 변이 유전자

거르개가 지운 변이

논문 Results · Supplementary Figure 1 · EGFR 재분석

열 명 중 다섯

논문 Figure 3B · 짝지은 병변의 공유 변이

염색체는 덩어리로 움직인다

논문 Supplementary Figure 2·3 · CNVkit · 44.4%

한 개도 겹치지 않았다

논문 Figure 4A·4B · mtDNA-Seq · MitoSeek · 공유 0건

열한 명 중 한 명만 HPV 였다

논문 Methods · HPV detection · 두 조건

글을 빼고 점수를 낸다

논문 Figure 5 · PandaOmics TargetID · 문헌 점수 제외

두 층으로 나눈 표적

논문 Figure 5A·5B 종합 실습 · Pharos · TCRD · Essential Gene DB

말할 수 있는 것과 없는 것

논문 Discussion · 한계 · 그리고 이 강의가 더한 칸