20강 / 20강
말할 수 있는 것과 없는 것
논문 Discussion · 한계 · 그리고 이 강의가 더한 칸
스무 강을 왔습니다. 정리합시다.
먼저 말할 수 있는 것입니다. 각 항목 옆에 근거가 어느 강에 있는지 적었습니다.
| 말할 수 있는 것 | 근거 | 강 |
|---|---|---|
| 정상→IP→SNSCC 로 발현이 계단처럼 움직인 유전자가 2,692개 있다 | MLM · 11명 짝지은 자료 | 7강 |
| 오른 쪽은 증식·대사·기질 재편, 내린 쪽은 면역·세포사다 | GSEA 와 iPANDA 가 독립적으로 같은 답 | 8~10강 |
| SNSCC 는 늘 짝지은 IP 보다 변이가 많다 | 10명 중 10명 · 예외 없음 | 12강 |
| 혹과 암이 변이를 공유한 환자는 절반이다 | 5/10 · CNV 도 같은 이질성 | 14·15강 |
| 미토콘드리아 변이는 한 건도 공유되지 않았다 | 4,500× 깊이 · 11명 전부 | 16강 |
| EGFR 은 점 변이·CNV·발현 세 축에서 모두 나온다 | 독립적인 세 자 | 13·15·19강 |
| 이 코호트에서 HPV 는 주된 원인이 아니다 | 11명 중 1명 | 17강 |
말할 수 없는 것 — 논문이 스스로 적은 것
이 강의가 더한 칸
논문이 적지 않았지만 20강까지 오면서 걸린 것들입니다.
| 빈칸 | 왜 걸리나 | 강 |
|---|---|---|
| mtDNA 의 C>T 69% 중 얼마가 FFPE 인공산물인가 | 포르말린과 산화 스트레스가 같은 서명을 남긴다 | 4·16강 |
| 'PDB 구조가 있을 것' 조건이 들여온 문헌 편향 | 문헌 점수를 껐는데 구조 조건으로 뒷문이 열린다 | 18강 |
| EGFR 재분석의 사후성 | 논문이 스스로 적었으나 다른 유전자에는 같은 완화를 하지 않았다 | 13강 |
| HPV 양성 1명을 빼고 돌린 결과 | 그 한 명이 모든 분석에 그대로 들어가 있다 | 17강 |
| IGV 육안 검토의 재현성 | 누가 보느냐에 따라 달라질 수 있다 | 11강 |
| MLM 이 단계 간격을 같다고 본 가정 | 정상→IP 와 IP→암이 정말 같은 한 칸인가 | 7강 |
이 표를 출력해 두고 논문 원문과 대조해 보세요. 어긋나는 값이 있으면 그것이 이 강의의 잘못입니다.
Python
브라우저에서 실행
다음에 무엇을 봐야 하나
이 논문이 남긴 문은 셋입니다.
🤔 확인 문제
이 논문의 결론 중 가장 단단하게 뒷받침된 것은?
해설 GSEA 와 iPANDA 는 서로 다른 데이터베이스와 계산을 쓰는데 같은 답을 냈습니다. 다만 둘 다 같은 11명 자료에서 나왔으므로 독립 코호트 검증은 여전히 없습니다. AURKA 는 검증되지 않은 가설이고, HPV 는 11명 중 1명이며, 예측은 5/10 때문에 서지 않습니다.
🤔 확인 문제
이 강의가 논문에 없지만 한계로 더한 것은?
해설 나머지 셋은 논문 스스로 Discussion 마지막 문단에 적은 한계입니다. 구조 조건이 만드는 편향은 논문이 언급하지 않았고, 18강에서 이 강의가 덧붙인 것입니다.