종양 안에서 가장 많은 세포
그런데 편이 정해져 있지 않다
면역항암제 이야기는 거의 언제나 T세포로 합니다. 그런데 종양을 흩어 세포를 세어 보면 T세포는 4.3% 뿐입니다. 그 자리를 채우고 있는 것은 골수계 85.1% — 호중구와 대식세포입니다.
T세포는 편이 정해져 있습니다. 골수계는 아닙니다. 같은 대식세포가 암을 먹기도 하고, 암이 자라도록 혈관을 놓아 주기도 합니다. 무엇이 그 편을 정하는가 — 그리고 약으로 바꿀 수 있는가.
개념만 말하지 않습니다 — 마우스 종양 골수세포 33,594개를 직접 열어 논문의 여섯 아형을 표지자만으로 다시 나누고, 그 이름표가 이름값을 하는지 다른 유전자로 검증하고, M1/M2 가 정말 한 축인지 재고, 공간전사체로 같은 결론이 나오는지 확인합니다.
이렇게 배웁니다
🔬논문의 그림을 다시 만든다
논문 Fig. 7 의 여섯 아형을 논문이 쓴 표지자 그대로 다시 나눕니다. M1 유사 단핵구 11.46% → 28.07%, 순환 단핵구 27.34% → 13.75% — 두 주장이 그대로 재현됩니다.
🏷️이름표를 의심한다
이름 붙인 유전자로 그 이름을 증명하면 순환논증입니다. 다른 유전자로 잽니다 — 순환 단핵구는 네 축 중 셋에서 1위, 'M1 유사' 는 활성산소는 1위인데 병원체 인식은 꼴찌였습니다.
📐편한 이름과 맞는 이름
M1/M2 가 한 축이라면 두 점수의 상관이 −1 이어야 합니다. 실제로는 −0.179 이고, 둘 다 높은 세포가 21.9% 였습니다. 한 축이 아닙니다.
🚧못 하는 것을 적는다
논문의 Cd47 주장은 암세포 이야기인데 이 자료에는 암세포가 없습니다. Elane·Mpo 가 0 이라 NET 도 못 봅니다. 검증 불가를 검증 불가라고 적습니다.
전체 커리큘럼
01
종양 안에서 가장 많은 세포 — 그런데 편이 정해져 있지 않다
논문 Fig. 5I·7A · GSE268555 세포 37,585개
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02
두 갈래 기원 — 난황낭에서 온 것과 골수에서 온 것
대식세포 계보 · 논문 SI 「single-cell transcriptome data」
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03
【실습】 골수세포 33,594개를 연다
GSE268555 · log1p(CP10K) · 유전자 116개
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04
단핵구 두 종류 — 심부름꾼과 순찰대
고전형 Ly6c⁺ 대 비고전형 · 논문 Fig. 7D 「circulating monocyte」
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05
대식세포가 된다는 것 — 무엇이 바뀌나
단핵구 → 대식세포 분화 · GSE268555
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06
폐포대식세포 — 논문이 하필 폐암인 것과 관계가 있다
논문 Fig. 1C 「LUAD」 · 조직 상주 대식세포
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07
식균작용 — 알아보고 · 삼키고 · 소화한다
대식세포의 본업 · 옵소닌화
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08
'먹지 마' 신호 — CD47 과 SIRPα
논문 Fig. 6D·E 「Ddx54 induces Cd47 expression」
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09
【실습】 논문의 Cd47 을 네 조건에서 다시 잰다
논문 Fig. 6E · GSE268555 — 그리고 왜 검증이 안 되는가
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10
먹은 다음 — 항원제시하는 대식세포와 안 하는 대식세포
MHC-II · 논문 Fig. 7A 「present antigens to T cells」
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11
에퍼로사이토시스 — 죽은 세포를 조용히 치우는 일
MerTK · Gas6 · 그리고 왜 이것이 종양에서 문제가 되나
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12
M1 과 M2 — 편리하지만 틀린 이름
1990년대의 비유가 남긴 것
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13
【실습】 M1·M2 점수로 나누면 정말 둘로 갈리나
GSE268555 단핵구계열 14,637개 · 두 축으로 재기
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14
TAM — 종양이 기르는 대식세포
종양연관대식세포 · Trem2 · Apoe · Gpnmb
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15
MDSC — 이름이 가장 논쟁적인 세포
골수유래억제세포 · 정의 문제
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16
호중구 — 가장 많은데 가장 안 보이는 세포
GSE268555 호중구 15,096개 · NET · 그리고 10x 의 한계
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17
【실습】 논문의 여섯 아형을 표지자만으로 다시 나눈다
논문 Fig. 7A–D · SI Fig. S16 · 단핵구계열 14,637개
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18
【실습】 순환 단핵구가 정말 억제성인가 — 네 축으로 검증한다
논문 Fig. 7F · 순환논증을 피하는 법
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19
【실습】 'M1 유사' 라는 이름은 이름값을 하나 — 그리고 조직에서 다시 본다
논문 Fig. 7E·G · GSE285341 Xenium
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20
정리 — 골수계로 말할 수 있는 것과 없는 것
20강 · 이 강의가 남기는 목록
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